An Essentiel Guide to the Basic Local Alignement Search Tool
de Ian Korf, Mark Yandell, Joseph Bedell
Traducteur(s) :
Public visé : Avancé, Débutant, Expert, Intermédiaire
Résumé de l'éditeur
Sequence similarity is a powerful tool for discovering biological function.
Just as the ancient Greeks used comparative anatomy to understand the human
body and linguists used the Rosetta stone to decipher Egyptian hieroglyphs,
today we can use comparative sequence analysis to understand genomes. BLAST
(Basic Local Alignment Search Tool), is a sophisticated software package for
rapid searching of nucleotide and protein databases. It is one of the most
important software packages used in sequence analysis and bioinformatics. Most
users of BLAST, however, seldom move beyond the program's default parameters,
and never take advantage of its full power.
BLAST is the only book completely devoted to this popular suite of tools. It
offers biologists, computational biology students, and bioinformatics professionals
a clear understanding of BLAST as well as the science it supports. This book shows
you how to move beyond the default parameters, get specific answers using BLAST,
and how to interpret your results. The book also contains tutorial and reference
sections covering NCBI-BLAST and WU-BLAST, background material to help you understand
the statistics behind BLAST, Perl scripts to help you prepare your data and analyze
your results, and a wealth of tips and tricks for configuring BLAST to meet your
own research needs.
Detailed BLAST references, including NCBI-BLAST and WU-BLAST
Understanding biological sequences
Sequence similarity, homology, scoring matrices, scores, and evolution
Sequence Alignment
Calculating BLAST statistics
Industrial-strength BLAST, including developing applications with Perl and BLAST
BLAST is the only comprehensive reference with detailed, accurate
information on optimizing BLAST searches for high-throughput sequence
analysis. This is a book that any biologist should own.
Critique du livre par la rédaction (MaliciaR)
(juin 2009)
Ce livre s'adresse aux personnes ne connaissant pas ou peu BLAST. Selon les auteurs,
il convient également aux étudiants et chercheurs ayant déjà une expérience avec
BLAST, mais souhaitant connaître des astuces supplémentaires.
Ainsi, il convient aux personnes venant d'autres domaines de la science (physiciens,
matheux, informaticiens purs) qui s'intéressent aux outils existant aujourd'hui pour
l'analyse des données biologiques, mais n'ont pas de connaissances en biologie.
La première partie explique rapidement ce qu'est BLAST, en donnant des exemples via le web.
La 2e partie est très théorique : on y parle autant des postulats biologiques de base qui
font que BLAST fonctionne ainsi (similarité des séquences est le mot-clé) que de
l'algorithme qui en est à la base et on donne quelques explications de ce qu'est
la programmation heuristique.
La 3e partie est de la pratique : quelle tête à une sortie de BLAST ainsi que
des conseils pour le choix de paramètres pour ce programme. Il y a pas mal
d'astuces ici (il s'agit du chapitre 9).
Je pense que la lecture des parties 2 et 3 est un passage obligé pour
tout le monde au moins une fois, même si l'on considère bien connaître la bête.
BLAST ne constitue en aucun cas un outil d'analyse biologique, mais est l'outil
qui la permet : en effet, il va toujours sortir un résultat, c'est à vous de
dire s'il est biologiquement pertinent. D'où l'importance de la connaissance
des fondements théoriques sous-jacents.
Ensuite, la partie 4 est consacrée à l'installation et l'utilisation de BLAST
en local... sur les systèmes d'exploitation disponibles en 2003 . Le chapitre
11 est pour moi assez intéressant : il décrit les différentes façons de faire
une base de données indexable par BLAST (donc, parle de l'utilisation de
l'utilitaire formatdb) et donne également un overview de certaines banques
de données biologiques. Cela dit, le tutorial sur le site du NCBI concernant
formatdb est très bien également; les connaissances des banques de données
biologiques dont il est question ont également pas mal évolué. Donc, ce
chapitre est à lire en tant qu'introduction, mais un replacement dans le
contexte actuel est nécessaire pour éviter les biais. Le chapitre 12 est
également intéressant : il donne quelques informations sur les vitesses
d'exécution du programme ainsi que sur les différentes optimisations de
BLAST (le code source en C est disponible sur le site du NCBI, donc ce
n'est pas étonnant que ces versions aient pu être créées).
Ainsi, le passage à la partie 5 se fait tout naturellement : on donne des
caractéristiques assez détaillées des deux grands BLAST : celui du NCBI et
celui de l'Université de Washington (le WU-BLAST), les deux étant comparés
dans le Tableau 1 du chapitre 14.
Enfin, plusieurs petits scripts en Perl ponctuent tout le livre et sont
également donnés dans les Appendix. Il s'agit essentiellement de scripts
astuces : si l'on ne sait pas utiliser Perl, ce n'est pas ici qu'on l'apprendra;
ce n'est aucunement l'objectif du livre d'ailleurs. Il est tout de même
dommage qu'il n'ait fait appel qu'à Perl : autres langages ont des ensembles
de modules spécialisés pour la biologie, tels Python avec Biopython, Java avec
Biojava, Ruby avec Bioruby; il me semble aussi être tombée sur un début
d'équivalent en C++.
En conclusion, ce livre est un excellent début pour les débutants
complets et un peu initiés, mais n'apportera que des astuces épisodiques
aux utilisateurs habitués.
Bonne lecture!
Sommaire
Introduction
Hello BLAST
Theory
Biological Sequences
Sequence Alignment
Sequence Similarity
Practice
BLAST
Anatomy of a BLAST Report
A BLAST Statistics Tutorial
20 Tips to Improve Your BLAST Searches
BLAST Protocols
Industrial-Strength BLAST
Installation and Command-Line Tutorial
BLAST Databases
Hardware and Software Optimizations
BLAST Reference
NCBI-BLAST Reference
WU-BLAST Reference
Appendixes
NCBI Display Formats
Nucleotide Scoring Schemes
NCBI-BLAST Scoring Schemes
blast-imager.pl
blast2table.pl
Glossary
Index
339 pages,
1ère édition,
01/09/2003
Editions O'Reilly,
ISBN10 : 0596002998,
ISBN13 : 9780596002992,
Format : 17,7 x 23,3, Couverture : Broché, Poids : 590 g
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44,90
EUR TTC seulement (au lieu de 16,19
EUR TTC : prix public)
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Traducteur(s) : Philippe Bruhat, Jérôme Fenal et Jean Forget
Public visé : Avancé, Débutant, Expert, Intermédiaire
Résumé de l'éditeur
De nombreux programmeurs codent en Perl quasi naturellement, en suivant leur
instinct et en conservant les bonnes vieilles habitudes: le code tourne et
c'est bon. Mais dans un cadre professionnel, cela ne marche plus.
Au travers de 256 recommandations, Damian Conway dévoile un ensemble cohérent
de préconisations pour mieux programmer en Perl. Ce livre vise en effet à aider
le programmeur à améliorer son code, à changer son style de programmation de
manière à ce que le code soit plus robuste, plus efficace et plus maintenable.
Chaque conseil est expliqué et des indications sont données sur quand et
comment l'utiliser. Le raisonnement qui y conduit est présenté de manière à saisir
en quoi il améliorera le code. Puis des exemples et des contre-exemples de
l'application de cette recommandation montrent son efficacité.
L'auteur aborde ainsi la disposition du code, les conventions de nommage,
l'interpolation des variables, des techniques efficaces pour manipuler les données
clans les tableaux et hachages, les structures clé contrôle, la manière de rédiger
une documentation, comment améliorer les fonctions intrinsèques (sort, reverse,
scalar, split,...), les sous-programmes, les entrées/sorties, les références,
les expressions régulières, la gestion des erreurs, les objets, les modules,
les tests et le débogage.
Cet ensemble de règles de l'art se fonde sur l'expérience réelle de la
programmation et non pas seulement sur la théorie.
Vous y trouverez par exemple :
Utilisez les modules CPAN lorsque c'est possible, il est en effet inutile de réinventer la roue.
Ecrivez d'abord les cas de test, ceci vous permettra de vérifier à tout moment que le code fonctionne comme prévu.
Un constructeur ne doit pas clouer les objets, sinon il sera difficile de distinguer si le code client construit ou recopie un objet.
Utilisez un système de gestion de configuration logicielle, vous garderez le contrôle de votre code source et assurerez ainsi sa pérennité.
N'utilisez jamais de variables dans l'interface d'un module, chaque composant du module devra revérifier chaque variable d'interface qu'il utilise.
Evitez les retours arrières inutiles, les identifications seront trop coûteuses et inutiles.
Les développeurs les moins expérimentés comme les plus aguerris
trouveront dans cet ouvrage une somme de bonnes pratiques qui ne
pourront que rendre leur code Perl meilleur, plus lisible et maintenable.
Les développeurs les moins expérimentés comme les plus aguerris trouveront dans
cet ouvrage une somme de bonnes pratiques qui ne pourront que rendre leur code
Perl meilleur, plus lisible et maintenable.
Critique du livre par la rédaction (djibril)
(novembre 2008)
C'est un livre vraiment très intéressant que l'on soit débutant ou expérimenté.
Il permet de prendre ou reprendre de bonnes habitudes.
Il permet de voir beaucoup d'aspects différents de Perl, d'écrire du code propre
et maintenable. Beaucoup de conseils sont fournis dans le choix de fonctions,
dans le choix d'un module plutôt qu'un autre, dans la façon de gérer des
fichiers de configuration. C'est un ouvrage très riche qui insiste longuement sur
la programmation objet Perl grâce à beaucoup d'exemples.
En résumé, c'est un livre que je vous conseille.
Je tiens néanmoins à préciser que depuis début novembre 2008, les éditions
O'Reilly France ont définitivement fermé. Vous pourrez toujours vous rapporter à la
version anglaise Perl Best Practices
Perl : l'efficacité au bout des doigts ! Pour un petit script du quotidien
comme pour une architecture complexe, vous pouvez compter sur lui pour
économiser votre temps. Avec ses 8 000 bibliothèques spécialisées,
c'est le couteau suisse - ou plutôt la tronçonneuse suisse - du programmeur.
Cet ouvrage très progressif vous apprendra comment :
installer Perl sur votre ordinateur
exploiter la syntaxe souple et expressive de Perl
exprimer vos idées de plusieurs manières
utiliser le travail d'autres programmeurs
200 exemples, 20 exercices corrigés en détail et un index de 300
entrées vous permettront de devenir très rapidement autonome.
Aucune connaissance de Perl ou de la programmation n'est requise.
Cet ouvrage est parfait pour un débutant qui souhaite s'initier à la programmation,
suffisamment court tout en restant abordable et illustrer d'exemples et exercices.
Il peut également servir de mémo pour la syntaxe à tous les programmeurs qui
n'utilisent Perl que de manière épisodique. Il tient dans la poche, et
traite presque tous les aspects du langage... mon seul regret est qu'aucune
présentation de la POO en Perl n'a été faite, mais la spécificité du langage
sur ce point aurait peut-être trop allourdi le contenu.
A moins de 10€, si vous ne deviez avoir qu'un seul livre sur Perl, et
si ne souhaitez pas utiliser ce langage quotidiennement, il me semble
que cet ouvrage est un excellent choix
Sommaire
Avant-propos
Pourquoi choisir Perl ?
Installation et premier script
Les briques du langage
Boucles et conditions
Lire et écrire des fichiers
Les expressions régulières
Créer des sous-programmes
Débuguer un programme
Les modules
Annexes
A : usages avancés
B : réponses à tous les exercices
Index
128 pages,
2e édition,
15/08/2005
Editions H et K Editions,
ISBN10 : 2914010729,
ISBN13 : 9782914010726,
Format Broché: 12 x 17, poids 118 g, Intérieur : Noir et Blanc
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EUR TTC : prix public)
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Higher-Order Perl is the most exciting, most clearly-written,
most comprehensive, and most forward-looking programming book
I've read in at least ten years. It's your map to the future of programming in any language.
Sean M. Burke, Leading Programmer, Comprehensive Perl Archive Network (CPAN)
Most Perl programmers were originally trained as C and Unix programmers,
so the Perl programs that they write bear a strong resemblance to C programs.
However, Perl incorporates many features that have their roots in other languages
such as Lisp. These advanced features are not well understood and are rarely used
by most Perl programmers, but they are very powerful. They can automate tasks in
everyday programming that are difficult to solve in any other way. One of the most
powerful of these techniques is writing functions that manufacture or modify other
functions. For example, instead of writing ten similar functions, a programmer can
write a general pattern or framework that can then create the functions as needed
according to the pattern. For several years Mark Jason Dominus has worked to apply
functional programming techniques to Perl. Now Mark brings these flexible programming
methods that he has successfully taught in numerous tutorials and training sessions to a wider audience.
Features
Introduces powerful programming methods-new to most Perl programmers-that were previously the domain of computer scientists
Gradually builds up confidence by describing techniques of progressive sophistication
Shows how to improve everyday programs and includes numerous engaging code examples to illustrate the methods
Critique du livre par la rédaction (jedai)
(décembre 2008)
C'est un classique et ce que j'en ai vu est très alléchant pour tout
programmeur Perl qui veut maitriser les techniques avancées du langage.
Un autre avantage c'est que le livre est disponible librement au téléchargement,
en PDF ou en MOD (variante de POD).
Sommaire
Preface
Recursion and Callbacks
Caching and Memorization
Iterators
From Recursion to Iterators
Infinite Streams
Higher-Order Functions and Currying
Parsing
Declarative Programming
Index
Function Index
582 pages,
1ère édition,
13/04/2005
Editions O'Reilly,
ISBN10 : 1558607013,
ISBN13 : 9781558607019,
Format Broché: 19 x 23,5, poids 1209 g, Intérieur : Noir et Blanc
Traducteur(s) : Laurent Mouchard et Guénola Ricard
Public visé : Débutant à expert
Résumé de l'éditeur
Ce livre est une introduction pratique à la programmation en Perl pour les biologistes.
Perl excelle dans les fonctions indispensables à cette discipline :
traitement de chaînes de caractères, mise en réseau, possibilité de piloter d'autres
programmes et prototypage rapide. Cet ouvrage ne nécessite aucune connaissance préalable
de la programmation. Il envisage la programmation comme un outil à part entière et
désormais indispensable de la recherche en biologie.
Critique du livre par la rédaction (stoyak)
(décembre 2008)
Voilà un bon début pour les bioinformaticiens qui s'essayent à Perl! En effet,
les cours sont progressifs et bien écrits!
Mais le mieux, ce sont les exemples! En effet, on y parle fichiers Genbank,
format FASTA, résultats de Blast! Par ces exemples concrets, l'apprentissage
deviendrait presque facile! Et les codes et procédures ainsi écrites trouveront leur
application très rapidement! Un bouquin explicite et concret pour les biologistes
de formation, de bons exemples des problématiques de la biologie pour les informaticiens.
A recommander!
Sommaire
Préface
1. Biologie et informatique
Organisation de l'ADN
Organisation des protéines
In Silico
Limites du calcul
2. Premiers pas en Perl
Une courbe d'apprentissage basse et longue
Avantages de Perl
Installation de Perl sur votre ordinateur
Comment exécuter des programmes ?
Éditeurs de texte
Obtenir de l'aide
3. L'art de la programmation
Différentes approches pour la programmation
Édition-exécution-modification (et sauvegarde)
Sauvegardes
Messages d'erreur
Débogage
Un vivier de programmes
Les programmes libres (open source)
Stratégies de programmation
Le processus de la programmation
4. Séquences et chaînes de caractères
Représentation de données de séquences
Un programme pour stocker une séquence d'ADN
Concaténation de fragments d'ADN
Transcription : ADN en ARN
Utilisation de la documentation Perl
Calcul du complément inverse d'un brin d'ADN en Perl
Protéines, fichiers et tableaux
Contexte scalaire et contexte de liste
Exercices
5. Motifs et boucles
Contrôle du flux du programme
Format du code
Recherche de motifs
Comptage des nucléotides
Séparation d'une chaîne de caractères en un tableau
Manipulation de chaînes de caractères
Écriture dans des fichiers
Exercices
6. Sous-programmes et débogage
Sous-programmes
Portée et sous-programmes
Arguments de la ligne de commande et tableaux
Transmission de données aux sous-programmes
Modules et bibliothèques de sous-programmes
Correction des bogues
Exercices
7. Mutations et nombres aléatoires
Générateurs de nombres aléatoires
Un programme qui utilise les nombres aléatoires
Un programme pour simuler les mutations dans les séquences d'ADN
Générer une séquence d'ADN aléatoire
Analyse d'une séquence d'ADN
Exercices
8. Le code génétique
Hachages
Structures de données et algorithmes pour la biologie
Le code génétique
Traduire de l'ADN en protéines
Lire des séquences d'ADN contenues dans des fichiers au format FASTA
Cadres de lecture
Exercices
9. Cartes de restriction et expressions régulières
Les expressions régulières
Opérations Perl
Exercices
10. GenBank
Les fichiers GenBank
Séparer la séquence des annotations
Filtrer les annotations
Indexer GenBank avec DBM
Exercices
11. Protein Data Bank
Vue d'ensemble de la PDB
Fichiers et répertoires
Fichiers de la PDB
Filtrer les fichiers de la PDB
Contrôler d'autres programmes
Exercices
12. BLAST
Obtenir BLAST
Recherche de motifs et homologie
Les fichiers de sortie de BLAST
Filtrer les sorties BLAST
Présenter les données
Bioperl
Exercices
13. Aspects avancés du langage Perl
Quelques pistes pour aller plus loin
Annexe A : Ressources
Annexe B : Résumé Perl
Index
382 pages,
1ère édition,
10/07/2002
Editions O'Reilly,
ISBN10 : 2841772063,
ISBN13 : 9782841772063,
Format Broché: 18 cm x 24 cm, poids 696 g, Intérieur : Noir et Blanc
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EUR TTC : prix public)
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Perl/TK est une extension de Perl grâce à laquelle l'interface utilisateur des programmes
devient graphique. Avec Tk, les programmes Perl ne sont plus limités au mode texte mais
créent fenêtres graphiques, boutons, zones de saisie, boîtes de liste, menus et barres
de défilement. Tk libère le développeur du confinement de la ligne de commande et lui
permet de construire des applications graphiques répondant à des événements,
sous MS-Windows comme sous Unix.
Cet ouvrage est destiné aux novices comme aux experts. Il présente les concepts de la
programmation événementielle et détaille le meilleur mode de conception
d'applications à interfaces graphiques.
Il montre, étape par étape, comment implanter et configurer les éléments graphiques de Perl/Tk.
Une attention particulière est portée aux gestionnaires d'espace, responsables du placement
de chaque bouton, menu, étiquette et boîte de liste dans une fenêtre.
Pour chacun des widgets de Perl/Tk couramment utilisés vous trouverez dans ce livre :
une présentation générale et un exposé des utilisations courantes, avec des exemples,
les options de configuration,
les méthodes permettant de le manipuler ou de peaufiner son comportement,
des exercices vous permettant de vous familiariser avec ses applications.
Bien que ce livre n'enseigne pas les bases du langage, toute personne ayant écrit même le plus simple
programme Perl devrait pouvoir apprendre Tk grâce à lui. Le style d'écriture, agréable et aéré,
va droit au but. Ce livre est riche en illustrations montrant l'aspect de chaque élément et
l'effet des options de configuration sur sa présentation.
Il a été écrit pour tous les programmeurs Perl souhaitant implanter des interfaces graphiques simples
et faciles à utiliser." Cet excellent ouvrage traite au mieux de Perl/Tk. Le paragraphe de la préface
faisant référence aux 'gourous' apprenant eux aussi grâce à lui s'est avéré vrai, même pour moi ".
- Nick Ing-Simmons, créateur de Perl/Tk.
Critique du livre par la rédaction (djibril)
(décembre 2008)
Ce livre est tout simplement génial!! C'est l'unique livre actuellement sur le marché qui explique très bien comment
concevoir une interface graphique en Perl. Il en balaye tous les différents aspects.
Les explications sont simples, il y a beaucoup d'exemples de codes et on se rend compte qu'il est vraiment aisé
et simple de concevoir une interface graphique en Perl.
Je le recommande à tous, il est vraiment complet. La version française de ce livre n'est plus éditée, n'hésitez donc pas à
rechercher la version anglaise.
A noter qu'il existe beaucoup de modules développés par la communauté Perl permettant d'enrichir les capacités
du Tk en Perl. N'hésitez pas à vous rendre régulièrement sur le site officiel du
CPAN
afin de trouver d'autres modules sympathiques et avoir de plus amples informations sur
les widgets de bases de Tk.
Sommaire
Introduction à Perl/Tk.
Gestion de l'espace.
Le bouton de base.
Cases à cocher et boutons radio.
Les widgets étiquette et de saisie.
Barres de défilement.
Le widget boîte de liste.
Le widget texte.
Le widget canevas.
Le widget barre de progression.
Menus.
Cadres.
Widgets de premier niveau.
Liaisons d'événements.
Widgets composites.
Méthodes communes à tous les widgets.
416 pages,
1ère édition,
15/01/2000
Editions O'Reilly,
ISBN10 : 2841770818,
ISBN13 : 9782841770816,
Format Broché: 17,5 cm x 24 cm, poids 720 g, Intérieur : Noir et Blanc
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Le langage Perl, conçu pour faciliter la manipulation de textes, de fichiers
et de processus, permet d'effectuer grâce à un code concis et intelligible
de nombreuses tâches traditionnellement assurées (non sans difficultés) par
des programmes C ou par les shells. Il est disponible sur la plupart des
plates-formes et, à défaut, s'obtient et s'installe aisément et gratuitement.
Révisé pour couvrir la version 5.8 du langage Perl, ce guide de référence
contient un résumé des règles de syntaxe de Perl, la liste des opérateurs,
des fonctions et des modules de la bibliothèque standard, tous accompagnés d'une brève description.
Critique du livre par la rédaction (djibril)
(décembre 2008)
C'est un mémento pour Perliste qui permet de retrouver facilement et rapidement des informations
sur les bases de Perl lorsque l'on a un trou de mémoire.
Il permet aussi de voir rapidement les capacités de Perl.
Sommaire
Options de la ligne de commande
Syntaxe
Documentation incorporée
Types de données
Citation et interpolation
Valeurs littérales
Variables
Contexte
Opérateurs et précédence
Instructions
Sous-programmes
Paquetages et modules
Modules pragmatiques
Programmation orientée objet
Classes spéciales
Fonctions arithmétiques
Fonctions de conversion
Conversion
Fonctions
Fonctions de tableau et de hachage
Expressions régulières
Fonctions de recherche et de remplacement
Opérateurs de test de fichier
Opérations sur les fichiers
Entrées/Sorties
Affichage formaté
Formats
Liaisons de variables
Fonctions de lecture de répertoires
Interaction avec le système
Fonctionnement en réseau
IPC System V
Divers
Informations provenant de la base de données système
Variables spéciales
Tableaux spéciaux
Hachages spéciaux
Variables d'environment
Gestion de threads multiples
Compiler
Le débogueur Perl
Annexe A : Modules standard
Annexe B : Liens sur Perl
Index
94 pages,
4ème édition,
22/05/2003
Editions O'Reilly,
ISBN10 : 2841772535,
ISBN13 : 9782841772537,
Format Broché: 11 cm x 18 cm x 1 cm, poids 100 g, Intérieur : Noir et Blanc
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Premiers pas dans le monde de Perl... et quelques pas suivants pour tout programmeur souhaitant se familiariser rapidement et sans trop aller dans le détail avec ce langages utilisé tant pour la programmation Web que pour le scriptage batch multi plateformes. Principaux thèmes de la programmation abordés de manière concise, à l'aide de nombreux exemples.
Critique du livre par la rédaction (Fabien Celaia)
(novembre 2008)
Ouvrage aisé à appréhender et vite lu (400 pages... bien aérées...) pour un débutant en Perl ayant déjà la maîtrise d'un autre langage de programmation. Ce livre est à considérer plus comme un outil d'immersion que comme une référence.
Les sujets traités montent en difficulté assez rapidement. Certaines parties de concepts de base pourront sembler à certain superflues et hors sujet (principes de la POO, concepts de CGI, feuilles de style)... ils auront au moins comme intérêt de rappeler des notions de base aux lecteurs qui auraient quelques lacunes.
J'ai apprécié le fait que la quasi totalité des sujets sont traités (cf table des matières ci-jointe)... Mon premier script Perl+CGI piloté via navigateur Web a vu le jour après moins de 2 heures de lecture/exercices.
Je regrette cependant
le nombre important d'erreurs dans les exercices, faisant plus perdre de temps en débugage... ceci dit, c'est une façon comme une autre d'assimiler de la matière... mais ceci pourrait être moins pénible...
le manque de matière sur certains sujets qui mériteraient approfondissement (comment se passe dans le détail l'installation DBI sur un environnement Linux/Unix ? Quel utilisateur exécute les programmes CGI ? Avec quelles variables d'environnement ?)
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Perl Best Practices
de Damian Conway
Public visé :
Intermédiaire
Résumé de l'éditeur
Many programmers code by instinct, relying on convenient habits or a "style" they picked up early on. They aren't conscious of all the choices they make, like how they format their source, the names they use for variables, or the kinds of loops they use. They're focused entirely on problems they're solving, solutions they're creating, and algorithms they're implementing. So they write code in the way that seems natural, that happens intuitively, and that feels good.
But if you're serious about your profession, intuition isn't enough. Perl Best Practices author Damian Conway explains that rules, conventions, standards, and practices not only help programmers communicate and coordinate with one another, they also provide a reliable framework for thinking about problems, and a common language for expressing solutions. This is especially critical in Perl, because the language is designed to offer many ways to accomplish the same task, and consequently it supports many incompatible dialects.
With a good dose of Aussie humor, Dr. Conway (familiar to many in the Perl community) offers 256 guidelines on the art of coding to help you write better Perl code -- in fact, the best Perl code you possibly can. The guidelines cover code layout, naming conventions, choice of data and control structures, program decomposition, interface design and implementation, modularity, object orientation, error handling, testing, and debugging.
They're designed to work together to produce code that is clear, robust, efficient, maintainable, and concise, but Dr. Conway doesn't pretend that this is the one true universal and unequivocal set of best practices. Instead, Perl Best Practices offers coherent and widely applicable suggestions based on real-world experience of how code is actually written, rather than on someone's ivory-tower theories on how software ought to be created.
Most of all, Perl Best Practices offers guidelines that actually work, and that many developers around the world are already using. Much like Perl itself, these guidelines are about helping you to get your job done, without getting in the way.
« Perl Best Practices » que l'on peut traduire par « Les bonnes pratiques de Perl » est un livre ayant pour ambition de vous mettre dans le chemin de la standardisation de votre code. A travers 256 règles, Damian Conway vous fait part de ses nombreuses années d'expériences. Le but étant de rendre vos applications plus robustes et plus facile à maintenir.
Toutes les règles sont classées par catégorie et peuvent être étudiées indépendamment les unes des autres. Structures de contrôle, norme d'écriture, test, débogage, gestion des erreurs ou même programmation orientée objet (POO), ce livre est assez complet.
Pour vous aider à mettre en oeuvre ces bonnes pratiques, vous trouverez de nombreux exemples. Malgré le grand nombre de concept de base, ce livre n'est pas fait pour apprendre Perl. Si vous êtes vraiment débutant, je vous conseille de l'accompagner d'un autre livre d'introduction à Perl.
Ce livre est parfait si vous souhaitez partir du bon pied dans le développement d'une application plus ou moins conséquente ou si vous recentrez le besoin de recadrer vos développements.
La cerise sur le gâteau se trouve dans la partie annexe. L'auteur c'est permis de faire un récapitulatif de toutes les règles. Un moyen simple de les avoir toujours à côté de soi.
DBI est une interface essentielle pour la programmation des bases de données avec Perl. C'est un paquetage offrant un ensemble cohérent de fonctions quelle que soit la base de données utilisée - Oracle, Sybase, Ingres, Informix, MySQL, PostgreSQL. DBI sépare les pilotes dédiés à chaque base de données (DBD) de l'API de programmation : tout programme DBI peut donc fonctionner avec n'importe quelle base de données, voire avec différentes bases simultanément.
Pour le profane, cet ouvrage décrit l'architecture de DBI et explique comment écrire des programmes qui l'utilisent.
Pour l'expert, il explique les nuances de DBI et les particularités de chaque DBD.
Vous apprendrez dans ce livre :
i) comment est conçu DBI et comment il fonctionne ;
ii) comment construire des requêtes et lier des paramètres ;
iii) comment travailler avec les descripteurs de bases de données, de pilotes et d'instructions ;
iv) comment détecter les erreurs dans vos programmes ;
v) comment utiliser tous les DBD existants.
Cet ouvrage contient également une référence complète de DBI.
Honnêtement, je ne sais pas trop comment le prendre ce livre en fait parce que jusqu'à présent j'y ai lu ce qui m'intéressait, mais le livre dans son ensemble est assez rebutant, c'est vraiment impressionant !
Je m'explique :
Le chapitre sur les bases de données simples sans DBI ne m'intéresse pas car je fais à ma sauce. Le chapitre suivant, sur SQL, commence par montrer comment on interroge une base, et là je me demande comment je peux tester l'interrogation si on ne sait même pas comment insérer des données ! Donc on est obligé de lire sans pouvoir essayer jusqu'à tomber sur les insertions, qui se trouvent 20 pages plus loin... Honnêtement, je lâcherais l'affaire avant si j'avais besoin d'apprendre SQL...
Le chapitre 4 nous présente DBI, mais là, il ne faut pas chercher MySQL car il n'y a que PostGreSQL pour les exemples ! S'il y a une chose qui semble importante aux yeux de l'auteur dans ce chapitre, c'est la gestion des erreurs visiblement. Si c'est après avoir montré comment on fait une connexion à une base de données, c'est bien parce qu'on ne risque pas de tester sans ca !
On attendra donc le chapitre 5, qui lui est par contre très intéressant en ce qui concerne l'utilisation de DBI pour lancer les requêtes SQL. C'est une mise en jambe assez bien faite, qui doit être lue entièrement avant de passer à la suite. Le chapitre 6 va plus en profondeur, et devient très intéressant pour le programmeur de niveau confirmé puisqu'on y voit comment utiliser certaines finesses de DBI.
Le chapitre 7 compare DBI et ODBC, pour faire comprendre qu'on peut se passer de ce dernier si on n'a pas besoin des foncionnalités complètes de l'API ODBC.
Le dernier chapitre présente le shell DBI et comment s'en servir. Je ne vous dirais pas s'il est utile puisque je n'ai jamais eu à utiliser ce shell.
Viennent enfin les annexes, qui elles sont très intéressantes puisqu'on y retrouve de manière claire et consise tout ce qu'on veut savoir sur les pilotes DBI, les différences entre eux, des adresses de sites web en rapport direct et une référence de toutes les fonctions offertes par le module DBI. Bref, c'est là que je viens chercher l'essentiel des infos dont j'ai besoin !!!
Conclusion, ce n'est pas un livre pour apprendre SQL, ce n'est pas un livre pour apprendre les SGBDR, c'est un livre pour comprendre les rouages de DBI et c'est en quelque sorte un kit d'optimisation pour le programmeur. Si vous avez une application de taille importante à écrire avec DBI, lisez ce livre, il vous donnera tout ce qu'il faut pour bien utiliser le module. N'oubliez pas l'essentiel : DBI ne se connecte pas à une base de données, il exploite les modules DBD::pilote_base qui eux, s'y connectent. Son but est de normaliser le plus possible les requêtes permettant d'accéder aux différents type de bases de données.
Sommaire
Introdution
Base de données simples sans DBI
SQL et les bases de données relationnelles
Programmation avec DBI
Interaction avec les bases de données
DBI avancé
ODBC et DBI
Le shell DBI et le mandatement des données
Spécifications DBI
Caractéristiques des pilotes et des bases de données
Charte ASLaN des sites sacrés
Index
372 pages,
6 ème édition,
Décembre 2000
Editions O'Reilly,
ISBN10 : 2-84177-131-8,
18 x 2 x 23
Commandez sur www.amazon.fr : 45 EUR TTC seulement (au lieu de 47 EUR TTC : prix éditeur)
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Introduction à Perl
de Schwartz Randal, Phoenix Tom et Foy Briab
Traducteur(s) : Soulard Hrvé
Public visé : Débutant
Résumé de l'éditeur
Perl est langage de script utilisé pour diverses tâches en informatique : originellement utilisé pour l'extraction de données et l'écriture de rapport (Practical Extraction and Report Language), Perl est également utilisé pour l'écriture de scripts CGI, l'administration et l'interrogation de bases de données ou même pour des applications avec une interface graphique pour l'utilisateur final.
Perl est aussi couramment utilisé dans l'administration système et réseau et est un langage de choix pour des branches scientifiques telles la bioinformatique.
Le développeur qui souhaite ainsi s'initier à ce langage proche de C pourra ainsi se former aux 3 types primordiaux (variables scalaires, tableaux, tables de hachages), comprendre les structures de contrôles parfois originales de Perl, utiliser Perl pour lire/écrire des fichiers, utiliser les fameuses expressions régulières qui ont fait la renommée de Perl.
Enfin, par ce livre, le programmeur pourra étendre les fonctionnalités de Perl par les modules notamment ceux du CPAN.
Ce livre est à mon avis la meilleure voie à suivre pour s'initier à Perl. La preuve, votre serviteur a débuté sur cet ouvrage !
Les explications sont claires, la progression est graduelle, non brutale et j'ai apprécié les exercices en fin de chapitres.
De même, des nouveautés dans cette version comme un chapitre d'introduction aux modules CPAN où des compléments viennent combler les oublis des précédentes versions.
Ainsi, si vous voulez détenir un livre aussi bien aide-mémoire que d'initiation à ce langage généraliste qu'est Perl, alors Introduction à Perl est fait pour vous. Les plus confirmés iront directement à la "bible" rédigé par Larry Wall et que nous traiterons bientôt.
Critique du livre par la rédaction (Michel Blavin)
N'ayant aucune connaissance en perl et ayant même un à priori négatif envers ce langage, je me suis littéralement régalé à la lecture de ce livre. Les avantages du langage y sont bien expliqués, et on voit rapidement quels seront les applications pratiques.
Les chapitres sont concis et toujours très clair. Le ton est très agréable, l'humour est omniprésent rendant la lecture agréable et gardant l'esprit alerte. Les exercices de fins de chapitres sont très bien calibrés rapide à faire mais permettant une bonne validation des acquis. J'ai très rapidement pu mettre en applications mes nouvelles connaissances, et moi qui pensait ne réaliser qu'un script perl, je vais probablement m'attacher à ce langage. Je pense l'utiliser régulièrement pour traiter des fichiers textes et pour automatiser certaines taches.
Ce livre devrait être lu par toutes les personnes qui veulent débuter dans ce langage.
Sommaire
Introdution
Données scalaires
Listes et tableaux
Sous-programmes
Entrées/sorties
Tables de hachage
Expressions régulières
Utilisation des expressions régulières
Traitement du texte avec les expressions régulières
Autres structures de contrôle
Tests de fichiers
Opérations sur les répertoires
Chaînes et tris
Gestion de processus
Modules Perl
Quelques techniques avancées
Solutions aux exercices
Et ensuite...
Index
286 pages,
4 ème édition,
Mars 2006
Editions O'Reilly,
ISBN10 : 2-84177-404-X,
18 x 2 x 24
Commandez sur www.amazon.fr : 32 EUR TTC seulement (au lieu de 34 EUR TTC : prix éditeur)
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Programmation en Perl
Camel book
de Larry Wall, Tom Christiansen, Jon Orwant
Public visé : Intermédiaire à avancé
Résumé de l'éditeur
Par sa souplesse et son efficacité, Perl a définitivement conquis ses lettres de noblesse auprès des programmeurs soucieux de manipuler aisément des données hétérogènes.Perl est l'un des phares du logiciel libre, disponible gratuitement aussi bien pour systèmes Unix que pour Windows ou MacOS. Ce langage de programmation complet vient en aide à un nombre toujours croissant de webmasters, administrateurs système ou concepteurs d'interfaces qui délaissent peu à peu les scripts de shell, sed ou awk en faveur de Perl. Depuis l'introduction des modules orientés objet, il a même rallié à sa cause de nombreux adeptes de C et C++. Depuis toujours associé au Web et à CGI, et conforté dans ce rôle par l'utilisation croissante de serveurs HTTP modulaires comme Apache, Perl est également très prisé par les administrateurs système (y compris NT), qui l'emploient aussi bien pour le dépouillement de logs que le filtrage du spam, la création automatique de comptes utilisateur ou l'interfaçage avec des systèmes de gestion de bases de données. Cette troisième édition du fameux « Camel Book » est considérée comme la référence absolue sur le langage Perl. Remis à jour pour couvrir la version 5.6 du langage, cet ouvrage a été aussi complètement réorganisé et complété par une multitude d'exemples. Tous les aspects du langage y sont abordés par l'auteur de Perl lui-même, depuis les structures de données, les fonctions et les sous-programmes jusqu'aux modules et aux classes, en passant par les références, les expressions rationnelles et les formats. Chaque nouveau concept est illustré par des exemples concrets, soigneusement choisis. Programmation en Perl n'est pas seulement un livre sur Perl, c'est aussi une introduction unique à un langage et à sa culture. Si vous avez déjà quelques notions de Perl (vous avez lu, par exemple Introduction à Perl, alias le « Llama Book »), ce livre pourrait bien vous transformer en « gourou » sans que vous vous en rendiez compte.
Critique du livre par la rédaction (Michel Blavin)
Perl fait partie de ces langages que l'on adore ou que l'on déteste, devenant presque une religion pour certains. Ce n'est pas par hasard que le groupe d'utilisateur de Perl s'appelle the Perl's Monks (les moines de Perl).
Un fois lu le lama book, on est très vite opérationnel mais si le langage vous a séduit, vous devez lire le Camel book, qui est la référence sur le sujet. Ce n'est pas pour rien que Larry Wall, inventeur de Perl, est un des auteurs. Il n'est probablement pas très adapté à des débutants purs, mais plutôt aux personnes ayant déjà utilisé Perl et veulent s'y atteler sérieusement.
Après avoir dissequé le language, etudier le fonctionement interne de ses principaux composants et avoir été initié à la culture Perl. Reste un tiers du livre qui est une référence sur les noms spéciaux, les fonctions interne, les principaux modules, la bibliothèque standard et les messages de diagnostiques. C'est impressionnant de voir un livre couvrant autant d'aspect d'un langage tout en restant lisible.
Une fois la première lecture faites, vous garderez cette ouvrage à portée de main, et au moindre doute vous pourrez y trouver des réponses à vos questions. Ces deux livres le lama book et le Camel book sont véritablement complémentaires, le premier vous donne accès au langage, vous fait goutter son efficacité, le second vous permet d'approfondir et de vraiment maîtriser le sujet.
