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FAQ Bioinformatique et Tutoriels

Le , par GLDavid

20PARTAGES

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Voulez-vous une FAQ et des tutoriaux sur la bioinformatique ?
Bonjour et bienvenue sur le forum Bioinformatique de developpez.com

Ce forum a été récemment ouvert au sein de la rubrique générale Perl. Pourquoi ? Parce que la bioinformatique devient de plus en plus un paramètre improtant de la stratégie des industriels biotechnologiques et/ou pharmacologiques, ceux-ci requièrent de plus en plus des personnes capables de comprendre un problème biologique et de trouver une solution informatique. Ce forum est un sous-forum de la rubrique Perl car Perl est le langage le plus communément utilisé par les bioinformaticiens de la recherche fondamentale ou appliquée.

L'objet de ce sondage est de savoir si vous êtes intéressé (en qualité d'étudiant ou d'actif dans le monde du travail) par une FAQ et des tutoriaux sur cet univers qu'est la bioinformatique. De même, les suggestions sur ce forum seront particulièrement appréciés.

En vous remerciant d'avance d'émettre vos opinions.

@++

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Avatar de djibril
Responsable Perl et Outils https://www.developpez.com
Le 04/07/2011 à 12:32
Citation Envoyé par -SKUD- Voir le message

J'espère qu'au moins l'un d'entre vous aura le courage (càd 3 minutes de son temps et 4 clics puor l'installation) de tester EMBOSS. Car, disons le clairement, bioperl c'est dépassé, contre productif et vous ramène à l'époque des pistolets à silex alors que nous sommes en 2011 !
Avant d'avancer des propos pareils, tu devrais te renseigner un minimum. Personne n'a dit qu'EMBOSS n'est pas utile ou ne contient pas beaucoup de tutoriels ou programmes utiles, mais tu devrais te renseigner sur la communauté BioPerl pour voir qu'il y a un paquet de développeurs travaillant dessus et mettant à jour les modules régulièrement. De plus, dans la même logique il existe BioPyton, bioJava... et ce n'est pas juste pour le plaisir de développer dans le vent. Toutes ces librairies sont toujours existantes car utiles. Lorsque l'on cherche à faire de gros développements en Perl ou autre langage (Programmes, logiciel ou autre) il est très souvent plus simple de packager ses applications dans le langage natif que de chercher à rattacher une autre suite logiciel.
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Avatar de stoyak
Rédactrice https://www.developpez.com
Le 04/07/2011 à 12:54
Je ne me sens pas concernée, mais je te trouve un peu agressif.

Tout d'abord, j'utilise mEMBOSS. Car oui, je suis d'accord, pour identifier des ORF dans mes séquences d'intérêt par exemple, je ne ré-invente pas la roue.

Par contre, j'utilise également BioPerl. Dans mes gros projets, analyse de séquences NGS ou design custom, certaines librairies me sont TRES utiles. Et oui, dans le cas de la création d'un pipeline d'analyse, c'est très pratique, très utile, et bien documenté.

Je te conseillerai de visiter à nouveau BioPerl, et de regarder un petit peu les nouveaux modules qui s'y développent. D'ailleurs, sincèrement, je ne crois pas que quelqu'un perde du temps à la création d'un module obsolète et ringard.
Et puis, il ne faut pas mélanger ce qui se passe sur un forum et dans le milieu professionnel.
Tu as peut-être ici des étudiants, tout emoustillés de découvrir la programmation, et à qui cela fait plaisir de poster du code. Dans la vie pro, le temps, c'est de l'argent ... et ça devient différent.

PS: Et oui, pour info, je suis diplômée, j'ai beaucoup d'expériences, et des responsabilités. Je parle en connaissance de cause.

Cordialement,
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Avatar de Gnux
Membre émérite https://www.developpez.com
Le 20/12/2006 à 21:29
Oui oui je veux, surtout si c'est toi qui les fait
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Avatar de Woufeil
Membre chevronné https://www.developpez.com
Le 20/12/2006 à 21:53
Parrain président, parrain président !

Bon, plus constructif l'avis
Je pense que la biologie est une science passionnante, malheureusement méconnue des informaticiens, et que cette FAQ et ces cours les aiderait à mieux la cerner et l'apprécier.

Je pense aussi que ce forum est fréquenté par pas mal de bioinformaticiens de métier qui pourrait bien avoir besoin de cours sur le domaine.

Et je pense que j'aimerais bien lire des choses sur le domaine... Ca fait un an et demi que j'ai pas fait de biologie (pour un ancien S SVT spé SVT, ça le fait pas ) et j'aimerais bien revoir deux trois trucs, en introduisant l'informatique (et surtout Perl) en plus.

Donc, pour, pour et repour
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Avatar de GLDavid
Expert confirmé https://www.developpez.com
Le 21/12/2006 à 9:25
Ok, alors je vois ce que je pourrais faire comme cours de bioinfo.
Attention, j'avertis d'entrée de jeu, pas question de faire à 100% de la bioinformatique fondamentale. Mon propos sera accès avec l'univers professionnel.
Je vois bien un petit rappel de quelques notions de biologie, biologie moléculaire et on attaque avec les outils utilisés en bioinformatique et l'introduction des langages comme Perl ou Java pour scripter ou pour voir quelques algorithmes.
Qu'en pensez-vous ?

@++
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Avatar de GLDavid
Expert confirmé https://www.developpez.com
Le 21/12/2006 à 9:25
Tiens, il y en a un qui a voté non. Cette personne peut il nous dire pourquoi ?

@++
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Avatar de Woufeil
Membre chevronné https://www.developpez.com
Le 21/12/2006 à 15:40
Citation Envoyé par GLDavid
Tiens, il y en a un qui a voté non. Cette personne peut il nous dire pourquoi ?

@++
Je pense qu'il a dit non parce que ça l'intéresse pas tout simplement
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Avatar de GLDavid
Expert confirmé https://www.developpez.com
Le 21/12/2006 à 16:02
Oki !
De toute façon, ce serait anormal si tout le monde était d'accord.

@++
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Avatar de Leishmaniose
Membre habitué https://www.developpez.com
Le 21/12/2006 à 18:11
Code : Sélectionner tout
$Sous_forum_bioinfo .= "tutoriaux" . "FAQ";
Je vois ça comme une suite logique...

Notez que les communautés d'internautes bioinformaticiens manquent cruellement sur la toile, n'en parlant pas de celles qui sont francophones.

Pour ma part, mon enregistrement sur ce forum de développeur (déjà 3 ans auparavant) était justement pour résoudre des problèmes info. traitant de la bio. et croyez moi que j'espèrais de tout coeur voir un jour une rubrique bioinfo. sur developpez.com et finalement c'est ce qui s'est passé et voila maintenant que ça se dévoloppe
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Avatar de GLDavid
Expert confirmé https://www.developpez.com
Le 22/12/2006 à 9:01
Cher Leishmaniose

Ta succession d'idées me plaît bien et j'avais envie d'appliquer cela.
Il est clair que la bioinfo se développe et n'en déplaise à ses détracteurs, un site qui prétend traiter de l'informatique en général, se doit aussi de traiter de la bioinformatique.
Commencer par les tutoriaux me semble bien. Elle permettra ensuite de reprendre des idées maîtresses en résumé pour une FAQ.

Merci de ton opinion.

@++
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