Générer un arbre taxonomique sous freemind depuis la base NCBI

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Petit script pour générer le fichier freemind contenant les taxons indiqués en paramètre...

Il faut une base mysql en local avec les données du NCBI .
http://linnaeus.zoology.gla.ac.uk/~rpage/tbmap/downloads/ncbi/
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Catégories : Bioinformatique
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Licence : GPL
Date de mise en ligne : 4 août 2015




Avatar de extenbrisadlucem extenbrisadlucem - Membre actif https://www.developpez.com
le 04/08/2015 à 21:57
Bonjour,

Je vous propose un nouvel élément à utiliser : Générer un arbre taxonomique sous freemind depuis la base NCBI

Petit script pour générer le fichier freemind contenant les taxons indiqués en paramètre...

Il faut une base mysql en local avec les données du NCBI .

http://linnaeus.zoology.gla.ac.uk/~rpage/tbmap/downloads/ncbi/

Qu'en pensez-vous ?
Avatar de extenbrisadlucem extenbrisadlucem - Membre actif https://www.developpez.com
le 05/08/2015 à 11:38
Citation Envoyé par Lolo78 Voir le message
Bonsoir,

A vrai dire, taxonomique, j'ai peut-être une vague idée (encore que...), mais freemind et NCBI, pour moi, c'est du chinois (ou de l'arabe ou de l'hébreu, bref, je ne comprends pas).

Mais je ne peux que t'encourager vivement si tu contribues à la communauté.
Merci!
Freemind est un outil pour faire des «mind map» (Carte heuristique - graphique en arbre )... NCBI est un organisme qui propose une base (non représentative) taxonomique [classement en fonction de critères]...
Perso., je la trouve assez complète même si je suis plus habituée à la représentation LUCA... (Last Universal Common Ancestor).

Voci un exemple d'extraction montrant les critères communs pour les abeilles-bourdons-guêpes et frelons - même fourmis...


Cette base pourrait servir à faire un arbre phylogénétique complet par exemple (si on a assez de mémoire et l'outil ad oc)...

;-)
Avatar de extenbrisadlucem extenbrisadlucem - Membre actif https://www.developpez.com
le 05/08/2015 à 12:07
Une petite adaptation permet de générer des fichiers .gml (qu'on peut ouvrir avec yEd par exemple)...

Par contre, c'est tellement simple niveau programmation, que je ne vois pas l'intérêt d'en faire un autre post dans les sources bioinformatique...

Donc, le voici : [ATTACH]184708d1/a/a/a" />

Exemple de ce qui est produit sous yEd :

 
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