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Le but est de récupérer les identifiants et leur séquence une à une de façon simple et rapide grâce au module Bio::SeqIO. Fichier d'entrées :
test.txt

>A1
GATACCAGCATCGTACGTCGTACGTACGTAGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT
>A2
TACCACCCGATCTCGCATCGTCATGTGCGGGATCATTATGCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT
>B1
GATACCAGCGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGATAGATCTGACT
>B2
GATACCAGCCACTTCTGACGATCGATCGATATTATAAAAGGATCATTATGCCACATTCTGATCgTGGACCTGCATTATAGATCTGCCCTT
>C1
GATACCAGCGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT
>C2
GATACCAGCGGGATCCTTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT

Résultat

>A1
GATACCAGCATCGTACGTCGTACGTACGTAGGGA ... Voir la suite

Le module Bio::AlignIO permet de récupérer et d'analyser les séquences une à une en gardant les positions des gaps. On peut donc aussi récupérer un bloc de sous-séquences en gardant leur alignement, mais également obtenir la séquence consensuelle de cet alignement.

file.fsa

>A1/1-60
GATACCAGCGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT
.
>A2/1-57
..TACCAGCGGGATCATTATGC.ACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT
.
>B1/1-55
GATACCAGCGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTG....ATAGATCTGACT.
.
>C1/1-60
GATACCAGCGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT
.
>C2/1-60
GATACCAGCGGGATCCTTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT
.
>B2/1-61
GAT ... Voir la suite

Petit script pour générer le fichier freemind contenant les taxons indiqués en paramètre...

Il faut une base mysql en local avec les données du NCBI .
http://linnaeus.zoology.gla.ac.uk/~rpage/tbmap/downloads/ncbi/