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Nombre d'auteurs : 18, nombre de questions : 250, dernière mise à jour : 29 octobre 2015 Ajouter une question

Bienvenue sur la FAQ Perl. Cette FAQ a pour vocation de vous enseigner ou de vous faire revoir les notions élémentaires de ce fantastique langage. Perl est très utilisé dans différents domaines depuis la gestion système, le réseaux, l'administration de bases de données, le web (CGI), la bureautique, la conception d'interfaces graphiques ou des contextes scientifiques telle la bioinformatique. Nous espérons que cette FAQ vous sera d'une grande utilité.

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Sommaire →Codes sources utiles →Des codes sources →Bioinformatique (3)

Comment contribuer à cette liste de questions réponses ?
Comment récupérer (proprement) les séquences d'un fichier fasta ?
Est-il possible de récupérer des sous-séquences d'un alignement ?

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Mis à jour le 8 mars 2011 djibril

Comment récupérer (proprement) les séquences d'un fichier fasta ?

Le but est de récupérer les identifiants et leur séquence une à une de façon simple et rapide grâce au module Bio::SeqIO. Fichier d'entrées :

Code :

Sélectionner tout

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>A1 
GATACCAGCATCGTACGTCGTACGTACGTAGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT 
>A2 
TACCACCCGATCTCGCATCGTCATGTGCGGGATCATTATGCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT 
>B1 
GATACCAGCGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGATAGATCTGACT 
>B2 
GATACCAGCCACTTCTGACGATCGATCGATATTATAAAAGGATCATTATGCCACATTCTGATCgTGGACCTGCATTATAGATCTGCCCTT 
>C1 
GATACCAGCGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT 
>C2 
GATACCAGCGGGATCCTTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT

Code perl :

Sélectionner tout

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#!/usr/bin/perl 
use strict; 
use warnings; 
use Bio::SeqIO; 
  
# fichier d'entrée 
my $in = Bio::SeqIO->new( -file => "test.txt", '-format' => 'Fasta' ); 
  
# fichier de sortie 
my $out = Bio::SeqIO->new( -file => ">exit.fas", '-format' => 'Fasta' ); 
  
# récupération des séquences 
while ( my $seq = $in->next_seq() ) { 
  my $id       = $seq->primary_id; 
  my $sequence = $seq->seq; 
  
  # écriture dans le fichier de sortie 
  $out->write_seq($seq); 
}

Code :

Sélectionner tout

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>A1 
GATACCAGCATCGTACGTCGTACGTACGTAGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGA 
CCTGCATTATAGATCTGACTT 
>A2 
TACCACCCGATCTCGCATCGTCATGTGCGGGATCATTATGCACATTCTGATCTTGGACCT 
GCATTATAGATCTGACTT 
>B1 
GATACCAGCGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGATAGATCTGACT 
>B2 
GATACCAGCCACTTCTGACGATCGATCGATATTATAAAAGGATCATTATGCCACATTCTG 
ATCgTGGACCTGCATTATAGATCTGCCCTT 
>C1 
GATACCAGCGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT 
>C2 
GATACCAGCGGGATCCTTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT

Mis à jour le 8 mars 2011 Jasmine80

Est-il possible de récupérer des sous-séquences d'un alignement ?

Le module Bio::AlignIO permet de récupérer et d'analyser les séquences une à une en gardant les positions des gaps. On peut donc aussi récupérer un bloc de sous-séquences en gardant leur alignement, mais également obtenir la séquence consensuelle de cet alignement.

Code :

Sélectionner tout

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>A1/1-60 
GATACCAGCGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT 
. 
>A2/1-57 
..TACCAGCGGGATCATTATGC.ACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT 
. 
>B1/1-55 
GATACCAGCGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTG....ATAGATCTGACT. 
. 
>C1/1-60 
GATACCAGCGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT 
. 
>C2/1-60 
GATACCAGCGGGATCCTTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT 
. 
>B2/1-61 
GATACCAGCCGGATCATTATGCCACATTCTGATCGTGGACCTGCATTATAGATCTGCCCT 
T

Code perl :

Sélectionner tout

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#!/usr/bin/perl 
use strict; 
use warnings; 
  
use Bio::AlignIO; 
  
# fichier d'entrée 
my $inputfilename = 'file.fsa'; 
my $in            = Bio::AlignIO->new( 
  -file     => $inputfilename, 
  '-format' => 'fasta' 
); 
  
my $aln = $in->next_aln(); 
  
# recherche de la séquence consensus à 50% 
print "sequence consensus à 50%\n"; 
print $aln->consensus_string(50), "\n\n"; 
  
# manipulation de séquences alignées 
foreach my $seq ( $aln->each_seq ) { 
  
  # récupération de sous-séquences 
  my $res = $seq->subseq( 10, 45 ); 
  print $res, "\n"; 
}

Code :

Sélectionner tout

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7
8
9
sequence consensus à 50% 
GATACCAGCGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT? 
 
GGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCA 
GGGATCATTATGC.ACATTCTGATCTTGGACCTGCA 
GGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTG.. 
GGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCA 
GGGATCCTTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCA 
CGGATCATTATGCCACATTCTGATCGTGGACCTGCA

Mis à jour le 8 mars 2011 Jasmine80

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