Les livres en anglais

11 livres et 4 critiques, dernière mise à jour le 28 mai 2017 , note moyenne : 4.9

  1. Modern Perl - 4th Edition - The classic reference, updated for Perl 5.22
  2. Mastering Regular Expressions
  3. Modern Perl - 2014 Edition for 5.18
  4. Automating System Administration With Perl
  5. Mastering Perl - Creating professional programs with Perl
  6. Programming Perl - Unmatched power for text processing and scripting
  7. BLAST - An Essentiel Guide to the Basic Local Alignement Search Tool
  8. Perl and LWP
  9. Perl Cookbook
  10. Higher Order Perl - Transforming Programs withs Programs
  11. Perl Best Practices
couverture du livre  Modern Perl - 4th Edition

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Modern Perl - 4th Edition

The classic reference, updated for Perl 5.22

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Résumé de l'éditeur

When you have to solve a problem now, reach for Perl. When you have to solve a problem right, reach for Modern Perl. Discover how to scale your skills from one-liners to asynchronous Unicode-aware web services and everything in between.

Modern Perl will take you from novice to proficient Perl hacker. You’ll see which features of modern Perl will make you more productive, and which features of this well-loved language are best left in the past. Along the way, you’ll take advantage of Perl to write well-tested, clear, maintainable code that evolves with you. Learn how the language works, how to take advantage of the CPAN’s immense trove of time-tested solutions, and how to write clear, concise, powerful code that runs everywhere. Specific coverage explains how to use Moose, how to write testable code, and how to deploy and maintain real-world Perl applications.

This new edition covers the new features of Perl 5.20 and Perl 5.22, including all the new operators, standard library changes, bug and security fixes, and productivity enhancements. It gives you what you need to use the most up-to-date Perl most effectively, all day, every day.

Édition : The pragmatic bookshelf - 286 pages , 4eédition, 21 octobre 2015

ISBN10 : 1680500880 - ISBN13 : 9781680500882

Release P1.0 (2015-10-17) - 9.2 x 7.5 x 0.6 inches

Commandez sur www.amazon.fr :

20.21 $ TTC (prix éditeur 34.00 $ TTC) livraison gratuite !
  • Preface
    • Running Modern Perl
    • Credits
  • The Perl Philosophy
    • Perldoc
    • Expressivity
    • Context
    • Implicit Ideas
  • Perl and Its Community
    • The CPAN
    • Community Sites
    • Development Sites
    • Events
    • IRC
  • The Perl Language
    • Names
    • Variables
    • Values
    • Control Flow
    • Scalars
    • Arrays
    • Hashes
    • Coercion
    • Packages
    • References
    • Nested Data Structures
  • Operators
    • Operator Characteristics
    • Operator Types
  • Functions
    • Declaring Functions
    • Invoking Functions
    • Function Parameters
    • Functions and Namespaces
    • Reporting Errors
    • Advanced Functions
    • Pitfalls and Misfeatures
    • Scope
    • Anonymous Functions
    • Closures
    • State versus Closures
    • State versus Pseudo-State
    • Attributes
    • AUTOLOAD
  • Regular Expressions and Matching
    • Literals
    • The qr// Operator and Regex Combinations
    • Quantifiers
    • Greediness
    • Regex Anchors
    • Metacharacters
    • Character Classes
    • Capturing
    • Grouping and Alternation
    • Other Escape Sequences
    • Assertions
    • Regex Modifiers
    • Smart Matching
  • Objects
    • Moose
    • Blessed References
    • Reflection
    • Advanced OO Perl
  • Style and Efficacy excerpt
    • Writing Maintainable Perl
    • Writing Idiomatic Perl
    • Writing Effective Perl
    • Exceptions
    • Pragmas
  • Managing Real Programs
    • Testing
    • Handling Warnings
    • Files
    • Modules
    • Distributions
    • The UNIVERSAL Package
    • Code Generation
    • Overloading
    • Taint
  • Perl Beyond Syntax
    • Idioms
    • Global Variables
  • What to Avoid
    • Barewords
    • Indirect Objects
    • Prototypes
    • Method-Function Equivalence
    • Automatic Dereferencing
    • Tie
  • Next Steps with Perl
    • Useful Core Modules
    • What’s Next?

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Avatar de djibril djibril - Responsable Perl et Outils https://www.developpez.com
le 24/10/2015 à 9:46
Modern Perl - 4th Edition
The classic reference, updated for Perl 5.22
When you have to solve a problem now, reach for Perl. When you have to solve a problem right, reach for Modern Perl. Discover how to scale your skills from one-liners to asynchronous Unicode-aware web services and everything in between.

Modern Perl will take you from novice to proficient Perl hacker. You’ll see which features of modern Perl will make you more productive, and which features of this well-loved language are best left in the past. Along the way, you’ll take advantage of Perl to write well-tested, clear, maintainable code that evolves with you. Learn how the language works, how to take advantage of the CPAN’s immense trove of time-tested solutions, and how to write clear, concise, powerful code that runs everywhere. Specific coverage explains how to use Moose, how to write testable code, and how to deploy and maintain real-world Perl applications.

This new edition covers the new features of Perl 5.20 and Perl 5.22, including all the new operators, standard library changes, bug and security fixes, and productivity enhancements. It gives you what you need to use the most up-to-date Perl most effectively, all day, every day.

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Avatar de djibril djibril - Responsable Perl et Outils https://www.developpez.com
le 24/10/2015 à 9:54
Bonjour,

Une version ebook de ce livre est gratuite ici.

Bonne lecture et n'hésitez pas à laisser vos commentaires.
Avatar de hotcryx hotcryx - Membre émérite https://www.developpez.com
le 23/12/2015 à 18:58
Je confirme c'est gratuit, très bon livre avec du bon code.

Il n'y a pas besoin de créer un compte pour recevoir le pdf
couverture du livre Mastering Regular Expressions

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Mastering Regular Expressions

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Résumé de l'éditeur

Mastering Regular Expressions Regular expressions are an extremely powerful tool for manipulating text and data. They are standard features in a range of languages and popular tools. Showing how the regular expression engine works, this title includes a comparison of features among different versions of many languages and tools. It also has a chapter devoted to PHP. Full description.

Édition : O'Reilly - 542 pages , 3eédition, 18 août 2006

ISBN10 : 0596528124 - ISBN13 : 9780596528126

23,4 x 17,8 x 3,3 cm

Commandez sur www.amazon.fr :

45.88 € TTC (prix éditeur 49.99 € TTC)
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Avatar de djibril djibril - Responsable Perl et Outils https://www.developpez.com
le 08/07/2014 à 22:34
Mastering Regular Expressions


Maîtrise des expressions régulières. Les expressions régulières sont un outil extrêmement puissant pour manipuler du texte et des données. Ils ont des caractéristiques standard dans une gamme de langages et outils populaires. Montrer comment le moteur d'expression régulière fonctionne, ce titre comprend une comparaison des fonctionnalités entre les différentes versions de nombreux langages et outils. Il a également un chapitre consacré à PHP.
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Avatar de Lolo78 Lolo78 - Rédacteur/Modérateur https://www.developpez.com
le 10/07/2014 à 19:12
Je l'ai lu et c'est vraiment un excellent bouquin. Il aborde aussi bien l'utilisation des regex dans une petite dizaine de langages que certains aspects théoriques (DFA, deterministic finite state automaton, et NFA, non deterministic finite state automaton, en français automates à états finis déterministes et non déterministes) permettant notamment de mieux comprendre comment optimiser les regex et surtout éviter les comportements pathologiques. Jeff Friedl est vraiment un maître du domaine.
Avatar de Jedai Jedai - Expert éminent https://www.developpez.com
le 11/07/2014 à 21:01
Moi j'ai la deuxième édition en Français (quel dommage qu'O'Reilly ait fermé son édition française) et c'est à coup sûr la bible pour l'utilisation des expressions régulières en tout contexte. Des méthodes de reconnaissance aux différentes implémentations en pratique, des bases de la conception aux méthodes d'optimisation d'une regex, ce livre couvre toutes les facettes nécessaires à l'emploi des expressions régulières.
couverture du livre Modern Perl

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Modern Perl

2014 Edition for 5.18

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Résumé de l'éditeur

Take control of your programming with Modern Perl.

Perl programmers solve problems and get things done. Perl’s the secret weapon they reach for when they have to solve a problem right now.

Modern Perl takes that productivity to the next level. Learn the philosophy of Perl to unlock the language's full power. Explore the best the CPAN has to offer. See how new features of Perl 5.16 and 5.18 will improve your code and help you finish your job faster—and have more fun too.

Sharpen your knowledge of tools and techniques. Hone your skills. Master every advantage Perl has to offer.

When you have to solve a problem right, reach for Modern Perl.

Visit the companion website at Modern Perl Books or read Modern Perl: the Book online.

Édition : Onyx Neon Press - 314 pages , 1re édition, 31 janvier 2014

ISBN10 : 0985451947 - ISBN13 : 9780985451943

2014 Edition for 5.18 - 22,9 x 15,2 x 1,7 cm

Commandez sur www.amazon.fr :

33.37 € TTC (prix éditeur 32.78 € TTC)
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Avatar de redouane412 redouane412 - Candidat au Club https://www.developpez.com
le 10/04/2014 à 23:39
Modern Perl 2014



Broché: 314 pages
Editeur : Onyx Neon Press (31 janvier 2014)
Langue : Anglais
ISBN-10: 0985451947
ISBN-13: 978-0985451943
Dimensions du produit: 22,9 x 15,2 x 1,7 cm

telechargement

ici
Avatar de djibril djibril - Responsable Perl et Outils https://www.developpez.com
le 11/04/2014 à 8:17
Bonjour,

Avez-vous lu ce livre ? Qu'en pensez-vous ?
N'hésitez pas à laisser vos commentaires ou faire une critique du livre sur sa page de notre rubrique Perl.
Avatar de djibril djibril - Responsable Perl et Outils https://www.developpez.com
le 01/06/2014 à 9:58
La version électronique est maintenant gratuitement disponible (version HTML, PDF, epub).
N'hésitez pas à télécharger ici!

N.B. Si une personne peut faire la traduction, n'hésitez à me contacter.
couverture du livre Automating System Administration With Perl

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Automating System Administration With Perl

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Public visé : Intermédiaire

Résumé de l'éditeur

If you do systems administration work of any kind, you have to deal with the growing complexity of your environment and increasing demands on your time. Automating System Administration with Perl, Second Edition, not only offers you the right tools for your job, but also suggests the best way to approach specific problems and to securely automate recurring tasks.

Updated and expanded to cover the latest operating systems, technologies, and Perl modules, this edition of the "Otter

Book: will help you:

  • Manage user accounts
  • Monitor filesystems and processes
  • Work with configuration files in important formats such as XML and YAML
  • Administer databases, including MySQL, MS-SQL, and Oracle with DBI
  • Work with directory services like LDAP and Active Directory
  • Script email protocols and spam control
  • Effectively create, handle, and analyze log files
  • Administer network name and configuration services, including NIS, DNS and DHCP
  • Maintain, monitor, and map network services, using technologies and tools such as SNMP, nmap, libpcap, GraphViz and RRDtool
  • Improve filesystem, process, and network security


This edition includes additional appendixes to get you up to speed on technologies such as XML/XPath, LDAP, SNMP, and SQL. With this book in hand and Perl in your toolbox, you can do more with less -- fewer resources, less effort, and far less hassle.

Édition : O'Reilly - 639 pages , 2eédition, 5 juin 2009

ISBN10 : 059600639X - ISBN13 : 9780596006396

3,8 x 17,8 x 23,5 cm

Commandez sur www.amazon.fr :

29.70 € TTC (prix éditeur 38.31 € TTC) livraison gratuite !
  • Introduction
  • Filesystems
  • User Accounts
  • User Activity
  • TCP/IP Name and Configuration Services
  • Working with Configuration Files
  • SQL Database Administration
  • Email
  • Directory Services
  • Log Files
  • Security
  • SNMP
  • Network Mapping and Monitoring
  • Experiential Learning
  • Appendix The Eight-Minute XML Tutorial
  • Appendix The 10-Minute XPath Tutorial
  • Appendix The 10-Minute LDAP Tutorial
  • Appendix The 15-Minute SQL Tutorial
  • Appendix The Five-Minute RCS Tutorial
  • Appendix The Two-Minute VBScript-to-Perl Tutorial
  • Appendix The 20-Minute SNMP Tutorial
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Avatar de djibril djibril - Responsable Perl et Outils https://www.developpez.com
le 06/07/2013 à 14:08
Bonjour,


Description :

If you do systems administration work of any kind, you have to deal with the growing complexity of your environment and increasing demands on your time. Automating System Administration with Perl, Second Edition, not only offers you the right tools for your job, but also suggests the best way to approach specific problems and to securely automate recurring tasks.

Updated and expanded to cover the latest operating systems, technologies, and Perl modules, this edition of the "Otter...
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couverture du livre Mastering Perl

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Mastering Perl

Creating professional programs with Perl

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Résumé de l'éditeur

Take the next step toward Perl mastery with advanced concepts that make coding easier, maintenance simpler, and execution faster. Mastering Perl isn't a collection of clever tricks, but a way of thinking about Perl programming for solving debugging, configuration, and many other real-world problems you’ll encounter as a working programmer.

The third in O’Reilly’s series of landmark Perl tutorials (after Learning Perl and Intermediate Perl), this fully upated edition pulls everything together and helps you bend Perl to your will.

Édition : O'Reilly - 300 pages , 2eédition, 1er janvier 2014

ISBN10 : 144939311X - ISBN13 : 9781449393113

23 x 18,2 x 2,1 cm

Commandez sur www.amazon.fr :

30.72 € TTC (prix éditeur 28.09 € TTC)
  1. Introduction
  2. Advanced Regular Expressions
  3. Secure Programming Techniques
  4. Debugging Perl
  5. Profiling Perl
  6. Benchmarking Perl
  7. Cleaning Up Perl
  8. Symbol Tables and Typeglobs
  9. Dynamic Subroutines
  10. Modifying and Jury-Rigging Modules
  11. Configuring Perl Programs
  12. Detecting and Reporting Errors
  13. Logging
  14. Lightweight Data Persistence
  15. Working with Pod
  16. Working with Bits
  17. The Magic of Tied Variables
  18. Modules as Programs


  1. Further Reading
  2. brian’s Guide to Solving Any Perl Problem
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Avatar de djibril djibril - Responsable Perl et Outils https://www.developpez.com
le 08/03/2014 à 14:19
Bonjour,


Description :

Take the next step toward Perl mastery with advanced concepts that make coding easier, maintenance simpler, and execution faster. Mastering Perl isn't a collection of clever tricks, but a way of thinking about Perl programming for solving debugging, configuration, and many other real-world problems you’ll encounter as a working programmer.

The third in O’Reilly’s series of landmark Perl tutorials (after Learning Perl and Intermediate Perl), this fully upated edition pulls everything together and helps you bend Perl to your will.

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Avatar de Lolo78 Lolo78 - Rédacteur/Modérateur https://www.developpez.com
le 09/03/2014 à 0:28
Ben, j'ai lu la première édition, qui est fort intéressante. Compte tenu de la qualité de l'auteur, je ne doute pas de celle du livre, que je lirai dès que j'en aurai l'occasion. Mais je ne peux rien dire de plus pour l'instant.
couverture du livre Programming Perl

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Programming Perl

Unmatched power for text processing and scripting

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Résumé de l'éditeur

Adopted as the undisputed Perl bible soon after the first edition appeared in 1991, Programming Perl is still the go-to guide for this highly practical language. Perl began life as a super-fueled text processing utility, but quickly evolved into a general purpose programming language that's helped hundreds of thousands of programmers, system administrators, and enthusiasts, like you, get your job done.

In this much-anticipated update to "the Camel," three renowned Perl authors cover the language up to its current version, Perl 5.14, with a preview of features in the upcoming 5.16. In a world where Unicode is increasingly essential for text processing, Perl offers the best and least painful support of any major language, smoothly integrating Unicode everywhere—including in Perl's most popular feature: regular expressions.

Important features covered by this update include:

  • New keywords and syntax
  • I/O layers and encodings
  • New backslash escapes
  • Unicode 6.0
  • Unicode grapheme clusters and properties
  • Named captures in regexes
  • Recursive and grammatical patterns
  • Expanded coverage of CPAN
  • Current best practices

Édition : O'Reilly - 1184 pages , 4eédition, 16 mars 2013

ISBN10 : 0596004923 - ISBN13 : 9780596004927

5,3 x 17,1 x 24,1 cm

Commandez sur www.amazon.fr :

42.19 € TTC (prix éditeur 42.19 € TTC) livraison gratuite !
  • An Overview of Perl
  • Bits and Pieces
  • Unary and Binary Operators
  • Statements and Declarations
  • Pattern Matching
  • Unicode
  • Subroutines
  • References
  • Data Structures
  • Packages
  • Modules
  • Objects
  • Overloading
  • Tied Variables
  • Interprocess Communication
  • Compiling
  • The Command-Line Interface
  • The Perl Debugger
  • CPAN
  • Security
  • Common Practices
  • Portable Perl
  • Plain Old Documentation
  • Perl Culture
  • Special Names
  • Formats
  • Functions
  • The Standard Perl Library
  • Pragmatic Modules
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Avatar de djibril djibril - Responsable Perl et Outils https://www.developpez.com
le 06/07/2013 à 14:08
Bonjour,


Description :

Adopted as the undisputed Perl bible soon after the first edition appeared in 1991, Programming Perl is still the go-to guide for this highly practical language. Perl began life as a super-fueled text processing utility, but quickly evolved into a general purpose programming language that's helped hundreds of thousands of programmers, system administrators, and enthusiasts, like you, get your job done...
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Avatar de SebQuenet SebQuenet - Nouveau Candidat au Club https://www.developpez.com
le 07/08/2013 à 11:27
Une super référence du langage, forcément, c'est la bible de bon nombre de perliens...

En particulier un chapitre impressionnant de détails est celui de l'Unicode. Cela ne se sait pas toujours, mais Perl est un des langages gérant le mieux l'Unicode, en particulier depuis la version 5.12. Tout y est décrit en long en large et en travers, depuis la théorie jusqu'aux exemples en Perl

En dehors de l'Unicode, un autre bon point pour cette édition est qu'elle tente de synthétiser le contenu de livres plus anciens tels que le Best Practice, le Mastering Perl, et le Advanced Perl Programming. (Il faut dire aussi que ce sont les mêmes auteurs) : on y trouve donc pêle mêle la gestion des signaux, l'utilisation classique des objets en Perl, une présentation des débuggeurs et profileurs existants, etc.

Enfin, le livre prend par la main le lecteur en l'ammenant jusqu'aux portes du CPAN en lui expliquant comment s'architecture le site de téléchargements de modules Perl et comment y distribuer ses propres modules.

Et c'est là le seul point noir du livre... Il y manque ce petit pas de plus pour non pas s'arrêter aux portes du CPAN mais pour y présenter l'essentiel : l'utilisation *pratique* de Perl 5 passé les années 2010, et le Perl "Moderne". Aucun mot sur Moose (si, une page et demi...), Coro (les threads eux mêmes sont éludés, comme si une question gênante avait été posée ...), AnyEvent, les gros frameworks Web (Catalyst et Dancer notamment).

Alors oui, en 1100 pages, beaucoup a été dit, mais pour ma part, laisser à un perldoc le soin d'expliquer comment faire de la surcharge d'opérateur en Perl ou décortiquer B::Bytecode aurait permis de passer un peu de temps sur ce qui fait tout l'attrait de Perl aujourd'hui : répondre aux besoins des entreprises en proposant un langage éprouvé, rapide et complet.

Dommage, pour ma part il vaut bien un 16/20, mais pour le 19 il manque la partie "Perl Moderne".
couverture du livre BLAST

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BLAST

An Essentiel Guide to the Basic Local Alignement Search Tool

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Résumé de l'éditeur

Sequence similarity is a powerful tool for discovering biological function. Just as the ancient Greeks used comparative anatomy to understand the human body and linguists used the Rosetta stone to decipher Egyptian hieroglyphs, today we can use comparative sequence analysis to understand genomes. BLAST (Basic Local Alignment Search Tool), is a sophisticated software package for rapid searching of nucleotide and protein databases. It is one of the most important software packages used in sequence analysis and bioinformatics. Most users of BLAST, however, seldom move beyond the program's default parameters, and never take advantage of its full power.

BLAST is the only book completely devoted to this popular suite of tools. It offers biologists, computational biology students, and bioinformatics professionals a clear understanding of BLAST as well as the science it supports. This book shows you how to move beyond the default parameters, get specific answers using BLAST, and how to interpret your results. The book also contains tutorial and reference sections covering NCBI-BLAST and WU-BLAST, background material to help you understand the statistics behind BLAST, Perl scripts to help you prepare your data and analyze your results, and a wealth of tips and tricks for configuring BLAST to meet your own research needs.

Some of the topics covered include:

  • BLAST basics and the NCBI web interface
  • How to select appropriate search parameters
  • BLAST programs: BLASTN, BLASTP, BLASTX, TBLASTN, TBLASTX, PHI-BLAST, and PSI BLAST
  • Detailed BLAST references, including NCBI-BLAST and WU-BLAST
  • Understanding biological sequences
  • Sequence similarity, homology, scoring matrices, scores, and evolution
  • Sequence Alignment
  • Calculating BLAST statistics
  • Industrial-strength BLAST, including developing applications with Perl and BLAST


BLAST is the only comprehensive reference with detailed, accurate information on optimizing BLAST searches for high-throughput sequence analysis. This is a book that any biologist should own.

Édition : O'Reilly - 339 pages , 1re édition, 1er septembre 2003

ISBN10 : 0596002998 - ISBN13 : 9780596002992

Commandez sur www.amazon.fr :

16.19 € TTC (prix éditeur 44.90 € TTC)
  • Introduction
    • Hello BLAST
  • Theory
    • Biological Sequences
    • Sequence Alignment
    • Sequence Similarity
  • Practice
    • BLAST
    • Anatomy of a BLAST Report
    • A BLAST Statistics Tutorial
    • 20 Tips to Improve Your BLAST Searches
    • BLAST Protocols
  • Industrial-Strength BLAST
    • Installation and Command-Line Tutorial
    • BLAST Databases
    • Hardware and Software Optimizations
  • BLAST Reference
    • NCBI-BLAST Reference
    • WU-BLAST Reference
  • Appendixes
    • NCBI Display Formats
    • Nucleotide Scoring Schemes
    • NCBI-BLAST Scoring Schemes
    • blast-imager.pl
    • blast2table.pl
  • Glossary
  • Index
Critique du livre par la rédaction MaliciaR le 1er juin 2009
Ce livre s'adresse aux personnes ne connaissant pas ou peu BLAST. Selon les auteurs, il convient également aux étudiants et chercheurs ayant déjà une expérience avec BLAST, mais souhaitant connaître des astuces supplémentaires.

Ainsi, il convient aux personnes venant d'autres domaines de la science (physiciens, matheux, informaticiens purs) qui s'intéressent aux outils existant aujourd'hui pour l'analyse des données biologiques, mais n'ont pas de connaissances en biologie.

La première partie explique rapidement ce qu'est BLAST, en donnant des exemples via le web. La 2e partie est très théorique : on y parle autant des postulats biologiques de base qui font que BLAST fonctionne ainsi (similarité des séquences est le mot-clé) que de l'algorithme qui en est à la base et on donne quelques explications de ce qu'est la programmation heuristique.

La 3e partie est de la pratique : quelle tête à une sortie de BLAST ainsi que des conseils pour le choix de paramètres pour ce programme. Il y a pas mal d'astuces ici (il s'agit du chapitre 9).

Je pense que la lecture des parties 2 et 3 est un passage obligé pour tout le monde au moins une fois, même si l'on considère bien connaître la bête. BLAST ne constitue en aucun cas un outil d'analyse biologique, mais est l'outil qui la permet : en effet, il va toujours sortir un résultat, c'est à vous de dire s'il est biologiquement pertinent. D'où l'importance de la connaissance des fondements théoriques sous-jacents.

Ensuite, la partie 4 est consacrée à l'installation et l'utilisation de BLAST en local... sur les systèmes d'exploitation disponibles en 2003 . Le chapitre 11 est pour moi assez intéressant : il décrit les différentes façons de faire une base de données indexable par BLAST (donc, parle de l'utilisation de l'utilitaire formatdb) et donne également un overview de certaines banques de données biologiques. Cela dit, le tutorial sur le site du NCBI concernant formatdb est très bien également; les connaissances des banques de données biologiques dont il est question ont également pas mal évolué. Donc, ce chapitre est à lire en tant qu'introduction, mais un replacement dans le contexte actuel est nécessaire pour éviter les biais. Le chapitre 12 est également intéressant : il donne quelques informations sur les vitesses d'exécution du programme ainsi que sur les différentes optimisations de BLAST (le code source en C est disponible sur le site du NCBI, donc ce n'est pas étonnant que ces versions aient pu être créées).

Ainsi, le passage à la partie 5 se fait tout naturellement : on donne des caractéristiques assez détaillées des deux grands BLAST : celui du NCBI et celui de l'Université de Washington (le WU-BLAST), les deux étant comparés dans le Tableau 1 du chapitre 14.

Enfin, plusieurs petits scripts en Perl ponctuent tout le livre et sont également donnés dans les Appendix. Il s'agit essentiellement de scripts astuces : si l'on ne sait pas utiliser Perl, ce n'est pas ici qu'on l'apprendra; ce n'est aucunement l'objectif du livre d'ailleurs. Il est tout de même dommage qu'il n'ait fait appel qu'à Perl : autres langages ont des ensembles de modules spécialisés pour la biologie, tels Python avec Biopython, Java avec Biojava, Ruby avec Bioruby; il me semble aussi être tombée sur un début d'équivalent en C++.

En conclusion, ce livre est un excellent début pour les débutants complets et un peu initiés, mais n'apportera que des astuces épisodiques aux utilisateurs habitués.

Bonne lecture!




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Avatar de Jasmine80 Jasmine80 - Membre émérite https://www.developpez.com
le 11/06/2009 à 12:48
Bonjour,


Description :

Sequence similarity is a powerful tool for discovering biological function. Just as the ancient Greeks used comparative anatomy to understand the human body and linguists used the Rosetta stone to decipher Egyptian hieroglyphs, today we can use comparative sequence analysis to understand genomes. BLAST (Basic Local Alignment Search Tool), is a sophisticated software package for rapid searching of nucleotide and protein databases. It is one of the most important software packages used in sequence analysis and bioinformatics. Most users of BLAST, however, seldom move beyond the program's default parameters, and never take advantage of its full power...
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J'aimerais savoir si quelqu'un a lu ce livre et s'il le recommande?

Merci,
Avatar de djibril djibril - Responsable Perl et Outils https://www.developpez.com
le 11/06/2009 à 13:14
Ah ouais, moi en tout cas, je ne l'ai pas lu. Une critique sur ce livre serait pas mal en effet.
Avatar de MaliciaR MaliciaR - Membre confirmé https://www.developpez.com
le 11/06/2009 à 13:23
Salut,

Je l'ai, il n'est pas mal. Mais ça dépend pourquoi faire. Si tu ne connais que pas ou peu BLAST, c'est LE bouquin à lire. Si tu n'as jamais suivi de cours de bio, pareil. Mais si tu es déjà dedans, ça t'apportera des astuces épisodiques genre un overview sur le traitement des oligos, quels paramètres utiliser pour tel cas particulier ou tel autre, comment installer sur MacOS9 . Il n'y a pratiquement pas de code et les exemples sont uniquement en Perl (ce que je trouve tout de même dommage, sachant qu'il y a d'autres langages pour faire de la bioinfo avec l'équivalent de BioPerl correspondant).

Donc, voilà, définis tes besoins et décides en conséquence

Si tu as besoin d'autres éclaircissements, n'hésite pas, si je peux te renseigner
couverture du livre Perl and LWP

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Perl and LWP

de
Public visé : Débutant

Résumé de l'éditeur

Perl soared to popularity as a language for creating and managing web content, but with LWP (Library for WWW in Perl), Perl is equally adept at consuming information on the Web. LWP is a suite of modules for fetching and processing web pages.

The Web is a vast data source that contains everything from stock prices to movie credits, and with LWP all that data is just a few lines of code away. Anything you do on the Web, whether it's buying or selling, reading or writing, uploading or downloading, news to e-commerce, can be controlled with Perl and LWP. You can automate Web-based purchase orders as easily as you can set up a program to download MP3 files from a web site.
Perl & LWP covers:
  • Understanding LWP and its design
  • Fetching and analyzing URLs
  • Extracting information from HTML using regular expressions and tokens
  • Working with the structure of HTML documents using trees
  • Setting and inspecting HTTP headers and response codes
  • Managing cookies
  • Accessing information that requires authentication
  • Extracting links
  • Cooperating with proxy caches
  • Writing web spiders (also known as robots) in a safe fashion


Perl & LWP includes many step-by-step examples that show how to apply the various techniques. Programs to extract information from the web sites of BBC News, Altavista, ABEBooks.com, and the Weather Underground, to name just a few, are explained in detail, so that you understand how and why they work.Perl programmers who want to automate and mine the web can pick up this book and be immediately productive. Written by a contributor to LWP, and with a foreword by one of LWP's creators, Perl & LWP is the authoritative guide to this powerful and popular toolkit.

Édition : O'Reilly - 262 pages , 1re édition, 25 juillet 2002

ISBN10 : 0596001789 - ISBN13 : 9780596001780

1,7 x 18,4 x 23,5 cm

Commandez sur www.amazon.fr :

37.05 € TTC (prix éditeur 37.05 € TTC) livraison gratuite !
  • Introduction to Web Automation
  • Web Basics
  • The LWP Class Model
  • URLs
  • Forms
  • Simple HTML Processing with Regular Expressions
  • HTML Processing with Tokens
  • Tokenizing Walkthrough
  • HTML Processing with Trees
  • Modifying HTML with Trees
  • Cookies, Authentication,and Advanced Requests
  • Spiders
  • Appendix A : LWP Modules
  • Appendix B : HTTP Status Codes
  • Appendix C : Common MIME Types
  • Appendix D : Language Tags
  • Appendix E : Common Content Encodings
  • Appendix F : ASCII Table
  • Appendix G : User's View of Object-Oriented Modules
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Avatar de djibril djibril - Responsable Perl et Outils https://www.developpez.com
le 06/07/2013 à 14:06
Bonjour,


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Perl soared to popularity as a language for creating and managing web content, but with LWP (Library for WWW in Perl), Perl is equally adept at consuming information on the Web. LWP is a suite of modules for fetching and processing web pages.

The Web is a vast data source that contains everything from stock prices to movie credits, and with LWP all that data is just a few lines of code away. Anything you do on the Web, whether it's buying or selling, reading or writing, uploading or downloading, news to e-commerce, can be controlled with Perl and LWP. You can automate Web-based purchase orders as easily as you can set up a program to download MP3 files from a web site...
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couverture du livre Perl Cookbook

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Perl Cookbook

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Résumé de l'éditeur

Find a Perl programmer, and you'll find a copy of Perl Cookbook nearby. Perl Cookbook is a comprehensive collection of problems, solutions, and practical examples for anyone programming in Perl. The book contains hundreds of rigorously reviewed Perl "recipes" and thousands of examples ranging from brief one-liners to complete applications.

The second edition of Perl Cookbook has been fully updated for Perl 5.8, with extensive changes for Unicode support, I/O layers, mod_perl, and new technologies that have emerged since the previous edition of the book. Recipes have been updated to include the latest modules. New recipes have been added to every chapter of the book, and some chapters have almost doubled in size.
Covered topic areas include:

  • Manipulating strings, numbers, dates, arrays, and hashes
  • Pattern matching and text substitutions
  • References, data structures, objects, and classes
  • Signals and exceptions
  • Screen addressing, menus, and graphical applications
  • Managing other processes
  • Writing secure scripts
  • Client-server programming
  • Internet applications programming with mail, news, ftp, and telnet
  • CGI and mod_perl programming
  • Web programming


Since its first release in 1998, Perl Cookbook has earned its place in the libraries of serious Perl users of all levels of expertise by providing practical answers, code examples, and mini-tutorials addressing the challenges that programmers face. Now the second edition of this bestselling book is ready to earn its place among the ranks of favorite Perl books as well.

Whether you're a novice or veteran Perl programmer, you'll find Perl Cookbook, 2nd Edition to be one of the most useful books on Perl available. Its comfortable discussion style and accurate attention to detail cover just about any topic you'd want to know about. You can get by without having this book in your library, but once you've tried a few of the recipes, you won't want to.

Édition : O'Reilly - 800 pages , 2eédition, 26 septembre 2003

ISBN10 : 0596003137 - ISBN13 : 9780596003135

4,5 x 18,4 x 23,5 cm

Commandez sur www.amazon.fr :

37.09 € TTC (prix éditeur 37.09 € TTC) livraison gratuite !
  • Strings
  • Numbers
  • Dates and Times
  • Arrays
  • Hashes
  • Pattern Matching
  • File Access
  • File Contents
  • Directories
  • Subroutines
  • References and Records
  • Packages, Libraries, and Modules
  • Classes, Objects, and Ties
  • Database Access
  • Interactivity
  • Process Management and Communication
  • Sockets
  • Internet Services
  • CGI Programming
  • Web Automation
  • mod_perl
  • XML
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Avatar de djibril djibril - Responsable Perl et Outils https://www.developpez.com
le 06/07/2013 à 14:05
Bonjour,


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Find a Perl programmer, and you'll find a copy of Perl Cookbook nearby. Perl Cookbook is a comprehensive collection of problems, solutions, and practical examples for anyone programming in Perl. The book contains hundreds of rigorously reviewed Perl "recipes" and thousands of examples ranging from brief one-liners to complete applications.

The second edition of Perl Cookbook has been fully updated for Perl 5.8, with extensive changes for Unicode support, I/O layers, mod_perl, and new technologies that have emerged since the previous edition of the book. Recipes have been updated to include the latest modules...
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Avatar de Lolo78 Lolo78 - Rédacteur/Modérateur https://www.developpez.com
le 06/07/2013 à 23:58
Oui, je l'ai lu, et c'est un excellent bouquin. Vraiment une aide à la résolution de problèmes pratiques réels. Bon, pour dire la vérité, je ne possède pas une copie papier de ce livre, et la version électronique que j'ai est sans doute pas complètement légale... Je ne peux qu'inciter le lecteur à l'acheter.
couverture du livre Higher Order Perl

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Higher Order Perl

Transforming Programs withs Programs

de
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Résumé de l'éditeur

Higher-Order Perl is the most exciting, most clearly-written, most comprehensive, and most forward-looking programming book I've read in at least ten years. It's your map to the future of programming in any language. Sean M. Burke, Leading Programmer, Comprehensive Perl Archive Network (CPAN)

Most Perl programmers were originally trained as C and Unix programmers, so the Perl programs that they write bear a strong resemblance to C programs. However, Perl incorporates many features that have their roots in other languages such as Lisp. These advanced features are not well understood and are rarely used by most Perl programmers, but they are very powerful. They can automate tasks in everyday programming that are difficult to solve in any other way. One of the most powerful of these techniques is writing functions that manufacture or modify other functions. For example, instead of writing ten similar functions, a programmer can write a general pattern or framework that can then create the functions as needed according to the pattern. For several years Mark Jason Dominus has worked to apply functional programming techniques to Perl. Now Mark brings these flexible programming methods that he has successfully taught in numerous tutorials and training sessions to a wider audience.

Features

  • Introduces powerful programming methods-new to most Perl programmers-that were previously the domain of computer scientists
  • Gradually builds up confidence by describing techniques of progressive sophistication
  • Shows how to improve everyday programs and includes numerous engaging code examples to illustrate the methods

Édition : O'Reilly - 582 pages , 1re édition, 13 avril 2005

ISBN10 : 1558607013 - ISBN13 : 9781558607019

Format Broché: 19 x 23,5, poids 1209 g, Intérieur : Noir et Blanc

Commandez sur www.amazon.fr :

57.90 € TTC (prix éditeur 57.90 € TTC) livraison gratuite !
  • Preface
  • Recursion and Callbacks
  • Caching and Memorization
  • Iterators
  • From Recursion to Iterators
  • Infinite Streams
  • Higher-Order Functions and Currying
  • Parsing
  • Declarative Programming
  • Index
  • Function Index
Critique du livre par la rédaction Jedai le 1er décembre 2008
C'est un classique et ce que j'en ai vu est très alléchant pour tout programmeur Perl qui veut maitriser les techniques avancées du langage.
Un autre avantage c'est que le livre est disponible librement au téléchargement, en PDF ou en MOD (variante de POD).
Critique du livre par la rédaction Laurent R. le 12 octobre 2015
Dans sa préface, Mark-Jason Dominus (MJD) remarque que les développeurs Perl tendent à « écrire du code C en Perl » (c'est-à-dire écrire du Perl comme si c'était du C). C'est une honte, ajoute-t-il, car Perl est bien plus expressif que le C. Nous pourrions faire bien mieux et utiliser Perl d'une façon dont les programmeurs C n'oseraient même pas rêver, mais nous ne le faisons pas la plupart du temps.

MJD montre que Perl possède de nombreux concepts et paradigmes avancés empruntés à la programmation fonctionnelle (notamment au langage Lisp) permettant bien souvent d'écrire facilement des programmes bien plus courts, bien plus expressifs, moins bogués et souvent plus lisibles que leurs équivalents en programmation procédurale ou orientée objet. En fait, Perl est sémantiquement bien plus proche du Lisp que du C, même si sa syntaxe de base est plus proche du C. Ce livre montre comment les techniques de la programmation fonctionnelle sont utilisables en Perl et permettent d'augmenter considérablement l'expressivité du langage et même de l'étendre, de lui ajouter de nouvelles fonctionnalités.

Ce livre est la source d'inspiration de mes tutoriels publiés sur ce site à propos de La programmation fonctionnelle en Perl : Partie1: les fonctions de listes, Partie 2: les fonctions d'ordre supérieur, et Partie 3 : étendre le langage. Le lecteur pourra consulter ces tutoriels en français pour se faire une idée du contenu du livre, mais ces tutoriels sont loin de rendre pleinement justice à la grande richesse du livre de MJD.

Ce livre de MJD a réellement changé ma façon de concevoir la programmation. Je suis d'accord avec la citation de Sean Burke en tête du résumé de l'éditeur (onglet Détails du livre sur cette page): cet ouvrage est simplement le meilleur livre d'informatique que j'aie lu depuis dix ans. Je le recommande vraiment à tous les lecteurs parlant suffisamment l'anglais. Ce livre est disponible en téléchargement gratuit au format PDF sur le site de l'auteur (n'hésitez pas, allez voir), mais le sujet est suffisamment ardu pour que je recommande l'acquisition de la version papier. C'est en tous cas ce que j'ai fini par faire, je ne le regrette vraiment pas.





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Avatar de djibril djibril - Responsable Perl et Outils https://www.developpez.com
le 06/07/2013 à 13:58
Bonjour,


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Higher-Order Perl is the most exciting, most clearly-written, most comprehensive, and most forward-looking programming book I've read in at least ten years. It's your map to the future of programming in any language. Sean M. Burke, Leading Programmer, Comprehensive Perl Archive Network (CPAN)...
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Avatar de Lolo78 Lolo78 - Rédacteur/Modérateur https://www.developpez.com
le 06/07/2013 à 17:19
Un livre absolument passionnant qui montre comment utiliser les concepts de la programmation fonctionnelle (Lisp, Haskell) en Perl pour construire des fonctions de rappel, des itérateurs paresseux, des fermetures, des "usines de fonctions", etc. Ce livre n'est pas destiné aux débutants et demande quelques efforts, mais il a changé en partie ma façon de programmer en Perl et même ma façon de comprendre l'art de la programmation en général. Les techniques décrites par Mark Jason Dominus rendent incroyablement simples des choses qui seraient autrement bien complexes.

A noter qu'il est possible de le télécharger gratuitement (et légalement) au format PDF sur le site de l'auteur.
couverture du livre Perl Best Practices

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Perl Best Practices

de
Public visé : Intermédiaire

Résumé de l'éditeur

Many programmers code by instinct, relying on convenient habits or a "style" they picked up early on. They aren't conscious of all the choices they make, like how they format their source, the names they use for variables, or the kinds of loops they use. They're focused entirely on problems they're solving, solutions they're creating, and algorithms they're implementing. So they write code in the way that seems natural, that happens intuitively, and that feels good.

But if you're serious about your profession, intuition isn't enough. Perl Best Practices author Damian Conway explains that rules, conventions, standards, and practices not only help programmers communicate and coordinate with one another, they also provide a reliable framework for thinking about problems, and a common language for expressing solutions. This is especially critical in Perl, because the language is designed to offer many ways to accomplish the same task, and consequently it supports many incompatible dialects.

With a good dose of Aussie humor, Dr. Conway (familiar to many in the Perl community) offers 256 guidelines on the art of coding to help you write better Perl code -- in fact, the best Perl code you possibly can. The guidelines cover code layout, naming conventions, choice of data and control structures, program decomposition, interface design and implementation, modularity, object orientation, error handling, testing, and debugging.

They're designed to work together to produce code that is clear, robust, efficient, maintainable, and concise, but Dr. Conway doesn't pretend that this is the one true universal and unequivocal set of best practices. Instead, Perl Best Practices offers coherent and widely applicable suggestions based on real-world experience of how code is actually written, rather than on someone's ivory-tower theories on how software ought to be created.

Most of all, Perl Best Practices offers guidelines that actually work, and that many developers around the world are already using. Much like Perl itself, these guidelines are about helping you to get your job done, without getting in the way.

Édition : O'Reilly UK - 542 pages , 1re édition, 19 juillet 2009

ISBN10 : 0596001738 - ISBN13 : 9780596001735

Commandez sur www.amazon.fr :

29.70 € TTC (prix éditeur 29.70 € TTC) livraison gratuite !
  • Best Practices
  • Code Layout
  • Naming Conventions
  • Values and Expressions
  • Variables
  • Control Structures
  • Documentation
  • Built-in Functions
  • Subroutines
  • I/O
  • References
  • Regular Expressions
  • Error Handling
  • Command-Line Processing
  • Objects
  • Class Hierarchies
  • Modules
  • Testing and Debugging
  • Miscellanea
  • Essential Perl Best Practices
  • Perl Best Practices
  • Editor Configurations
  • Recommended Modules and Utilities
  • Bibliography
Critique du livre par la rédaction arnolem le 1er janvier 2006
« Perl Best Practices » que l'on peut traduire par « Les bonnes pratiques de Perl » est un livre ayant pour ambition de vous mettre dans le chemin de la standardisation de votre code. A travers 256 règles, Damian Conway vous fait part de ses nombreuses années d'expériences. Le but étant de rendre vos applications plus robustes et plus facile à maintenir.
Toutes les règles sont classées par catégorie et peuvent être étudiées indépendamment les unes des autres. Structures de contrôle, norme d'écriture, test, débogage, gestion des erreurs ou même programmation orientée objet (POO), ce livre est assez complet.
Pour vous aider à mettre en œuvre ces bonnes pratiques, vous trouverez de nombreux exemples. Malgré le grand nombre de concept de base, ce livre n'est pas fait pour apprendre Perl. Si vous êtes vraiment débutant, je vous conseille de l'accompagner d'un autre livre d'introduction à Perl.
Ce livre est parfait si vous souhaitez partir du bon pied dans le développement d'une application plus ou moins conséquente ou si vous recentrez le besoin de recadrer vos développements.
La cerise sur le gâteau se trouve dans la partie annexe. L'auteur c'est permis de faire un récapitulatif de toutes les règles. Un moyen simple de les avoir toujours à côté de soi.




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Avatar de djibril djibril - Responsable Perl et Outils https://www.developpez.com
le 06/07/2013 à 14:03
Bonjour,


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Many programmers code by instinct, relying on convenient habits or a "style" they picked up early on. They aren't conscious of all the choices they make, like how they format their source, the names they use for variables, or the kinds of loops they use. They're focused entirely on problems they're solving, solutions they're creating, and algorithms they're implementing. So they write code in the way that seems natural, that happens intuitively, and that feels good.
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Avatar de Lolo78 Lolo78 - Rédacteur/Modérateur https://www.developpez.com
le 06/07/2013 à 23:48
Hum, compliqué d'expliquer, j'ai des sentiments partagés. C'est un excellent bouquin, écrit par un vrai spécialiste que je me garderai bien de critiquer car je suis loin, très très très loin, d'avoir son niveau, et j'ai appris plein de choses en le lisant, mais, en même temps, imposer des normes de codage, hum, je n'adhère pas complètement, certaines me paraissent vraiment inutiles ou même stupides.

Bref, j'ai appris plein de choses avec ce bouquin très bien fait, mais je suis loin d'être d'accord avec certaines recommandations.
Responsable bénévole de la rubrique Perl : djibril -