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Licence : Freeware
Mise en ligne le 31 mai 2011
Plate-formes :
Linux, Mac, Windows
Langue : Français
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Est-il possible de récupérer des sous-séquences d'un alignement ?
Est-il possible de récupérer des sous-séquences d'un alignement ?
Le module Bio::AlignIO permet de récupérer et d'analyser les séquences une à une en gardant les positions des gaps. On peut donc aussi récupérer un bloc de sous-séquences en gardant leur alignement, mais également obtenir la séquence consensuelle de cet alignement.
file.fsa
>A1/1-60
GATACCAGCGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT
.
>A2/1-57
..TACCAGCGGGATCATTATGC.ACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT
.
>B1/1-55
GATACCAGCGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTG....ATAGATCTGACT.
.
>C1/1-60
GATACCAGCGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT
.
>C2/1-60
GATACCAGCGGGATCCTTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT
.
>B2/1-61
GATACCAGCCGGATCATTATGCCACATTCTGATCGTGGACCTGCATTATAGATCTGCCCT
T
Résultat
sequence consensus à 50%
GATACCAGCGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT?
GGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCA
GGGATCATTATGC.ACATTCTGATCTTGGACCTGCA
GGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTG..
GGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCA
GGGATCCTTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCA
CGGATCATTATGCCACATTCTGATCGTGGACCTGCA
file.fsa
>A1/1-60
GATACCAGCGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT
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>A2/1-57
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>B1/1-55
GATACCAGCGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTG....ATAGATCTGACT.
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>C1/1-60
GATACCAGCGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT
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>C2/1-60
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>B2/1-61
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Résultat
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GGGATCATTATGC.ACATTCTGATCTTGGACCTGCA
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GGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCA
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CGGATCATTATGCCACATTCTGATCGTGGACCTGCA
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