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Le but est de récupérer les identifiants et leur séquence une à une de façon simple et rapide grâce au module Bio::SeqIO. Fichier d'entrées :
test.txt >A1 GATACCAGCATCGTACGTCGTACGTACGTAGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT >A2 TACCACCCGATCTCGCATCGTCATGTGCGGGATCATTATGCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT >B1 GATACCAGCGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGATAGATCTGACT >B2 GATACCAGCCACTTCTGACGATCGATCGATATTATAAAAGGATCATTATGCCACATTCTGATCgTGGACCTGCATTATAGATCTGCCCTT >C1 GATACCAGCGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT >C2 GATACCAGCGGGATCCTTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT Résultat >A1 GATACCAGCATCGTACGTCGTACGTACGTAGGGA ... Voir la suite |
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Le module Bio::AlignIO permet de récupérer et d'analyser les séquences une à une en gardant les positions des gaps. On peut donc aussi récupérer un bloc de sous-séquences en gardant leur alignement, mais également obtenir la séquence consensuelle de cet alignement.
file.fsa >A1/1-60 GATACCAGCGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT . >A2/1-57 ..TACCAGCGGGATCATTATGC.ACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT . >B1/1-55 GATACCAGCGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTG....ATAGATCTGACT. . >C1/1-60 GATACCAGCGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT . >C2/1-60 GATACCAGCGGGATCCTTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT . >B2/1-61 GAT ... Voir la suite |
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