Les livres en anglais

Ce livre s'adresse aux personnes ne connaissant pas ou peu BLAST. Selon les auteurs, il convient également aux étudiants et chercheurs ayant déjà une expérience avec BLAST, mais souhaitant connaître des astuces supplémentaires.

Ainsi, il convient aux personnes venant d'autres domaines de la science (physiciens, matheux, informaticiens purs) qui s'intéressent aux outils existant aujourd'hui pour l'analyse des données biologiques, mais n'ont pas de connaissances en biologie.

La première partie explique rapidement ce qu'est BLAST, en donnant des exemples via le web. La 2e partie est très théorique : on y parle autant des postulats biologiques de base qui font que BLAST fonctionne ainsi (similarité des séquences est le mot-clé) que de l'algorithme qui en est à la base et on donne quelques explications de ce qu'est la programmation heuristique.

La 3e partie est de la pratique : quelle tête à une sortie de BLAST ainsi que des conseils pour le choix de paramètres pour ce programme. Il y a pas mal d'astuces ici (il s'agit du chapitre 9).

Je pense que la lecture des parties 2 et 3 est un passage obligé pour tout le monde au moins une fois, même si l'on considère bien connaître la bête. BLAST ne constitue en aucun cas un outil d'analyse biologique, mais est l'outil qui la permet : en effet, il va toujours sortir un résultat, c'est à vous de dire s'il est biologiquement pertinent. D'où l'importance de la connaissance des fondements théoriques sous-jacents.

Ensuite, la partie 4 est consacrée à l'installation et l'utilisation de BLAST en local... sur les systèmes d'exploitation disponibles en 2003 . Le chapitre 11 est pour moi assez intéressant : il décrit les différentes façons de faire une base de données indexable par BLAST (donc, parle de l'utilisation de l'utilitaire formatdb) et donne également un overview de certaines banques de données biologiques. Cela dit, le tutorial sur le site du NCBI concernant formatdb est très bien également; les connaissances des banques de données biologiques dont il est question ont également pas mal évolué. Donc, ce chapitre est à lire en tant qu'introduction, mais un replacement dans le contexte actuel est nécessaire pour éviter les biais. Le chapitre 12 est également intéressant : il donne quelques informations sur les vitesses d'exécution du programme ainsi que sur les différentes optimisations de BLAST (le code source en C est disponible sur le site du NCBI, donc ce n'est pas étonnant que ces versions aient pu être créées).

Ainsi, le passage à la partie 5 se fait tout naturellement : on donne des caractéristiques assez détaillées des deux grands BLAST : celui du NCBI et celui de l'Université de Washington (le WU-BLAST), les deux étant comparés dans le Tableau 1 du chapitre 14.

Enfin, plusieurs petits scripts en Perl ponctuent tout le livre et sont également donnés dans les Appendix. Il s'agit essentiellement de scripts astuces : si l'on ne sait pas utiliser Perl, ce n'est pas ici qu'on l'apprendra; ce n'est aucunement l'objectif du livre d'ailleurs. Il est tout de même dommage qu'il n'ait fait appel qu'à Perl : autres langages ont des ensembles de modules spécialisés pour la biologie, tels Python avec Biopython, Java avec Biojava, Ruby avec Bioruby; il me semble aussi être tombée sur un début d'équivalent en C++.

En conclusion, ce livre est un excellent début pour les débutants complets et un peu initiés, mais n'apportera que des astuces épisodiques aux utilisateurs habitués.

Bonne lecture!

C'est un classique et ce que j'en ai vu est très alléchant pour tout programmeur Perl qui veut maitriser les techniques avancées du langage.
Un autre avantage c'est que le livre est disponible librement au téléchargement, en PDF ou en MOD (variante de POD).

Dans sa préface, Mark-Jason Dominus (MJD) remarque que les développeurs Perl tendent à « écrire du code C en Perl » (c'est-à-dire écrire du Perl comme si c'était du C). C'est une honte, ajoute-t-il, car Perl est bien plus expressif que le C. Nous pourrions faire bien mieux et utiliser Perl d'une façon dont les programmeurs C n'oseraient même pas rêver, mais nous ne le faisons pas la plupart du temps.

MJD montre que Perl possède de nombreux concepts et paradigmes avancés empruntés à la programmation fonctionnelle (notamment au langage Lisp) permettant bien souvent d'écrire facilement des programmes bien plus courts, bien plus expressifs, moins bogués et souvent plus lisibles que leurs équivalents en programmation procédurale ou orientée objet. En fait, Perl est sémantiquement bien plus proche du Lisp que du C, même si sa syntaxe de base est plus proche du C. Ce livre montre comment les techniques de la programmation fonctionnelle sont utilisables en Perl et permettent d'augmenter considérablement l'expressivité du langage et même de l'étendre, de lui ajouter de nouvelles fonctionnalités.

Ce livre est la source d'inspiration de mes tutoriels publiés sur ce site à propos de La programmation fonctionnelle en Perl : Partie1: les fonctions de listes, Partie 2: les fonctions d'ordre supérieur, et Partie 3 : étendre le langage. Le lecteur pourra consulter ces tutoriels en français pour se faire une idée du contenu du livre, mais ces tutoriels sont loin de rendre pleinement justice à la grande richesse du livre de MJD.

Ce livre de MJD a réellement changé ma façon de concevoir la programmation. Je suis d'accord avec la citation de Sean Burke en tête du résumé de l'éditeur (onglet Détails du livre sur cette page): cet ouvrage est simplement le meilleur livre d'informatique que j'aie lu depuis dix ans. Je le recommande vraiment à tous les lecteurs parlant suffisamment l'anglais. Ce livre est disponible en téléchargement gratuit au format PDF sur le site de l'auteur (n'hésitez pas, allez voir), mais le sujet est suffisamment ardu pour que je recommande l'acquisition de la version papier. C'est en tous cas ce que j'ai fini par faire, je ne le regrette vraiment pas.

« Perl Best Practices » que l'on peut traduire par « Les bonnes pratiques de Perl » est un livre ayant pour ambition de vous mettre dans le chemin de la standardisation de votre code. A travers 256 règles, Damian Conway vous fait part de ses nombreuses années d'expériences. Le but étant de rendre vos applications plus robustes et plus facile à maintenir.
Toutes les règles sont classées par catégorie et peuvent être étudiées indépendamment les unes des autres. Structures de contrôle, norme d'écriture, test, débogage, gestion des erreurs ou même programmation orientée objet (POO), ce livre est assez complet.
Pour vous aider à mettre en œuvre ces bonnes pratiques, vous trouverez de nombreux exemples. Malgré le grand nombre de concept de base, ce livre n'est pas fait pour apprendre Perl. Si vous êtes vraiment débutant, je vous conseille de l'accompagner d'un autre livre d'introduction à Perl.
Ce livre est parfait si vous souhaitez partir du bon pied dans le développement d'une application plus ou moins conséquente ou si vous recentrez le besoin de recadrer vos développements.
La cerise sur le gâteau se trouve dans la partie annexe. L'auteur c'est permis de faire un récapitulatif de toutes les règles. Un moyen simple de les avoir toujours à côté de soi.