Perl

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    Comment lister les adresses emails d'un fichier

    Licence : Gratuit - 30/06/2011 - Téléchargé x
    Ce code vous permet de lire un fichier passé en argument et liste les adresses emails s'y trouvant. Pour lancer ce programme, voici la commande à utiliser :
    perl test.pl -f fichier.txt

    Voilà, que pensez-vous de ce programme, vous a-t-il aidé ?

    Envoyer/Transférer des fichiers sur une machine UNIX par SSH

    Licence : Gratuit - 01/07/2011 - Téléchargé x
    Easy to tranfert


    Permet aussi de transférer un ou plusieurs fichiers entre deux machines Unix, avec une option de synchronisations des répertoires.

    Permet d'envoyer un ou plusieurs fichiers, d'un ordinateur Windows vers Unix/Linux (comme WINSCP)

    - Récupération des logs de tranferts à travers un STDOUT
    - Connexion sécurisée
    - Synchronisation à partir de la source (linux to linux)

    BioEdit

    Éditeur : BioEdit +
    BioEdit est un éditeur d'alignement des séquences biologiques écrites pour Windows. Une interface intuitive de documents multiples avec des fonctions pratiques rend l'alignement et la manipulation des séquences relativement facile sur votre ordinateur de bureau.

    Qu'en pensez-vous ?

    PerlPrimer

    Éditeur : PerlPrimer +
    Perlprimer est un logiciel gratuit, open-source de l'application GUI écrit en Perl, qui conçoit des amorces pour la PCR standard, bisulfite PCR, PCR en temps réel (QPCR) et le séquençage. Il vise à automatiser et à simplifier le processus de conception d'amorces.

    AutoDimer

    Éditeur : +
    AutoDimer permet de développer les PCR multiplex et des dosages d'extension d'amorces

    TigrMeV

    Éditeur : TigrMeV +
    Pour l'analyse de données transcriptomiques, je conseille TigrMeV !!! Pas forcément le plus intuitif au départ, les fichiers doivent être formatés le plus souvent avant import, mais il est quand même bien utile !

    Comment encoder le contenu d'une image en code Base64 ?

    Licence : Gratuit - 16/07/2011 - Téléchargé x
    Il est souvent très utile de convertir un fichier, notamment une image png, gif... en une chaine encodée en Base64. Cela nous permet souvent d'insérer cette chaine dans un programme afin d'éviter d'avoir un fichier à part.

    Le code que je vous propose prend en argument une ou plusieurs images et crée un ou plusieurs fichiers txt avec l'extension _base64.txt.

    USAGE : perl C:\test.pl -i image1.gif -i image2.png ...

    Résultat : image1_Base64.txt image2_Base64.txt

    Comment utiliser des noms de fichiers ou répertoires portables ?

    Licence : Autre - 15/03/2012 - Téléchargé x
    La meilleure solution est de toujours utiliser le module Perl File::Spec qui est disponible dans le core de Perl.
    Vous n'aurez plus besoin de vous soucier de la plateforme sous laquelle le programme tournera.

    Vérification de date de création d'un fichier et suppression si vieux d'un mois.

    Licence : Autre - 28/08/2012 - Téléchargé x
    Ce script va permettre de lister des fichiers dans un dossier.
    Il va ensuite récupèrer les dates de création du fichier, formater le format de la date.
    Les dates seront ensuite comparées à la date actuelle.
    Les fichiers vieux d'un mois seront supprimés.

    Convertir un code couleur RGB ou RVB en hexadécimal en Perl

    Licence : Gratuit - 20/05/2013 - Téléchargé x
    Voici un code Perl qui permet de convertir un code RVB ou RGB (pour les anglais) en hexadécimal 6-digits.

    script de backup recursif sur FTP avec upload uniquement des fichiers nouveaux ou modifiés

    Éditeur : ramislebob +
    But: Backup automatique d'un dossier sur un site FTP comme l'hébergement mutualisé OVH.
    - Afin de minimiser les uploads, seuls les fichiers modifiers seront uploader.
    - Comme via ftp on ne peut pas avoir le mtdm (date de derniere modification) pour un dossier, utilisation d'une base de données simple afin de stocker les fichiers avec leur taille et le mtdm local.
    - Comme on ne peut pas accéder la base de donnée directement de l'extérieur par mesure de sécurité, utilisation d'un wrapper HTTP simple utilisant la methode POST.


    Base de donnée et les 2 tables:
    2 tables:
    - backup_folder: pour stocker les chemins globaux des répertoires (et utiliser un id pour la table des fichiers)
    - ... Voir la suite

    script de backup recursif sur FTP avec upload uniquement des fichiers nouveaux ou modifiés (sans probleme d'affichage?..)

    Éditeur : ramislebob +
    But: Backup automatique d'un dossier sur un site FTP comme l'hébergement mutualisé OVH.
    - Afin de minimiser les uploads, seuls les fichiers modifiers seront uploader.
    - Comme via ftp on ne peut pas avoir le mtdm (date de derniere modification) pour un dossier, utilisation d'une base de données simple afin de stocker les fichiers avec leur taille et le mtdm local.
    - Comme on ne peut pas accéder la base de donnée directement de l'extérieur par mesure de sécurité, utilisation d'un wrapper HTTP simple utilisant la methode POST.


    Base de donnée et les 2 tables:
    2 tables:
    - backup_folder: pour stocker les chemins globaux des répertoires (et utiliser un id pour la table des fichiers)
    ... Voir la suite

    Générer un arbre taxonomique sous freemind depuis la base NCBI

    Licence : GPL - 04/08/2015 - Téléchargé x
    Petit script pour générer le fichier freemind contenant les taxons indiqués en paramètre...

    Il faut une base mysql en local avec les données du NCBI .
    http://linnaeus.zoology.gla.ac.uk/~rpage/tbmap/downloads/ncbi/

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