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Ce code vous permet de lire un fichier passé en argument et liste les adresses emails s'y trouvant. Pour lancer ce programme, voici la commande à utiliser :
perl test.pl -f fichier.txt

Voilà, que pensez-vous de ce programme, vous a-t-il aidé ?

Fraise est basé sur l'éditeur de texte Smultron, dont le créateur a décidé d’arrêter le développement.
Fraise est toujours gratuit et compatible Mac OS 10.6+.

Petit script pour générer le fichier freemind contenant les taxons indiqués en paramètre...

Il faut une base mysql en local avec les données du NCBI .
http://linnaeus.zoology.gla.ac.uk/~rpage/tbmap/downloads/ncbi/

Il est souvent très utile de convertir un fichier, notamment une image png, gif... en une chaine encodée en Base64. Cela nous permet souvent d'insérer cette chaine dans un programme afin d'éviter d'avoir un fichier à part.

Le code que je vous propose prend en argument une ou plusieurs images et crée un ou plusieurs fichiers txt avec l'extension _base64.txt.

USAGE : perl C:\test.pl -i image1.gif -i image2.png ...

Résultat : image1_Base64.txt image2_Base64.txt

But: Backup automatique d'un dossier sur un site FTP comme l'hébergement mutualisé OVH.
- Afin de minimiser les uploads, seuls les fichiers modifiers seront uploader.
- Comme via ftp on ne peut pas avoir le mtdm (date de derniere modification) pour un dossier, utilisation d'une base de données simple afin de stocker les fichiers avec leur taille et le mtdm local.
- Comme on ne peut pas accéder la base de donnée directement de l'extérieur par mesure de sécurité, utilisation d'un wrapper HTTP simple utilisant la methode POST.


Base de donnée et les 2 tables:
2 tables:
- backup_folder: pour stocker les chemins globaux des répertoires (et utiliser un id pour la table des fichiers)
- ... Voir la suite

AutoDimer permet de développer les PCR multiplex et des dosages d'extension d'amorces

Pour l'analyse de données transcriptomiques, je conseille TigrMeV !!! Pas forcément le plus intuitif au départ, les fichiers doivent être formatés le plus souvent avant import, mais il est quand même bien utile !

Il arrive que l'on ait besoin de comparer 2 listes perl entre elles afin d'obtenir les données communes aux deux listes, les données présentes dans une liste mais pas dans l'autre ... Pas besoin de reinventer la roue, il existe un module sur le CPAN qui le fait très bien, c'est List::Compare. Voici un exemple de code :

UltraEdit est un excellent remplaçant pour Notepad et beaucoup d'autres éditeurs de texte. Il supporte des fichiers de taille illimitée et possède un vérificateur orthographique contenant plus de 100 000 mots. De plus, l'application permet d'éditer en hexadécimal ou en colonnes. UltraEdit dispose d'une coloration syntaxique configurable, directement utilisable par les programmeurs.

Pour faire un sleep de moins d'une seconde, il est recommandé d'utiliser le module Time::HiRes qui est disponible dans le core.
Mais vous pouvez être encore beaucoup plus précis. A vous de jouer avec ce module très puissant.

Sous Linux ou Mac OS, il n'existe aucun utilitaire permettant de désinstaller un module Perl. Donc, voici un script qui peut vous permet de le faire proprement.

Comment raboter un texte trop long et ajouter 3 petits points ?

Le but est de récupérer les identifiants et leur séquence une à une de façon simple et rapide grâce au module Bio::SeqIO. Fichier d'entrées :
test.txt

>A1
GATACCAGCATCGTACGTCGTACGTACGTAGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT
>A2
TACCACCCGATCTCGCATCGTCATGTGCGGGATCATTATGCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT
>B1
GATACCAGCGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGATAGATCTGACT
>B2
GATACCAGCCACTTCTGACGATCGATCGATATTATAAAAGGATCATTATGCCACATTCTGATCgTGGACCTGCATTATAGATCTGCCCTT
>C1
GATACCAGCGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT
>C2
GATACCAGCGGGATCCTTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT

Résultat

>A1
GATACCAGCATCGTACGTCGTACGTACGTAGGGA ... Voir la suite

Le module Bio::AlignIO permet de récupérer et d'analyser les séquences une à une en gardant les positions des gaps. On peut donc aussi récupérer un bloc de sous-séquences en gardant leur alignement, mais également obtenir la séquence consensuelle de cet alignement.

file.fsa

>A1/1-60
GATACCAGCGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT
.
>A2/1-57
..TACCAGCGGGATCATTATGC.ACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT
.
>B1/1-55
GATACCAGCGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTG....ATAGATCTGACT.
.
>C1/1-60
GATACCAGCGGGATCATTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT
.
>C2/1-60
GATACCAGCGGGATCCTTATGCCACATTCTGATCTTGGACCTGCATTATAGATCTGACTT
.
>B2/1-61
GAT ... Voir la suite

Il y a 4 "e" dans $phrase

=()= est ce qu'on appelle en Perl un goatse, pas toujours connu du grand public.

En fait, c'est l'usage de l'opérateur d'affectation à une liste vide qui permet d'évaluer l'expression régulière dans un contexte de liste et dont le résultat est affecté à $count. Or la valeur de retour d'une affectation de liste évaluée dans un contexte de scalaire retourne le nombre d'élément contenu dans la rvalue de cet opérateur d'affectation, donc le nombre d'élément capturé par l'expression régulière.

Si vous souhaitez transposer un fichier tabulé, c'est à dire que les lignes de votre fichier deviennent des colonnes, voici une procédure qui peut vous aider.

Le code ci-dessous permet de convertir un fichier excel 2007 (ou antérieur) en fichier txt, csv ou autre fichier plat.

Le choix du séparateur est laissé à l'utilisateur.
Si l'on on précise un répertoire, le fichier convertit sera créé dans ce dernier, sinon, il sera créé dans le même répertoire que le fichier excel.
On peut choisir de convertir toutes les feuilles ou non du fichier excel en mettant -feuilles à 1 => tout sera convertit, ou à 0 et dans ce cas, à chaque feuille une confirmation sera demandée.

Attention : Nous avons utilisé ici la méthode print {$fh} $oWkC->Value, $Separateur;

Mais cette méthode peut nous générer des erreurs inattendues :
explication documentation o ... Voir la suite

Comme DateTime est le module préconisé, mais qu'il n'est pas disponible dans le Core, alors que POSIX l'est, il me semble que c'est une bonne alternative pour des utilisations "limitées".

Le code ci-dessous est compatible avec des machines acceptant des entiers sur 32 bits. Il utilise mktime et localtime.

Attention toutefois sur les machines 32 bits, les dates limites utilisables sont de 1904 à 2038. Pour utiliser des dates en dehors de cette plage, il faut s'en remettre aux modules spécialisés comme DateTime.

Il peut être utile de connaître le time d'une date, c'est l'inverse de time, localtime et gmtime. Cela se fait par exemple en php pour les connaisseurs via la fonction mktime. Comme d'habitude, il existe un module en Time::Local en perl déjà présent dans le CORE, donc pas besoin d'installation.

Ce module posséde deux méthodes timelocal et timegm qui renvoient le time. Il faut leur donner 6 informations sous forme de tableau ($sec,$min,$hour,$mday,$mon,$year).

Attention : $year sera bien l'année classique (avec + 1900), ex : 2007 et $mois sera compris entre 0 et 11 et non entre 1 et 12.

Nous trouver le time des dates 01/01/2000 et 05/12/2008



Vous pourrez maintenant jongler avec les tim ... Voir la suite

Vous souhaitez connaitre le nombre de jours (ou le nombre de semaines) entre deux dates, utilisez le module Date::Calc.